SUN5_The_answer的博客

位点频谱（site frequency sperum）是使用遗传数据进行群体历史研究的基础数据，easySFS.py将可以将划分好群体的snp.vcf文件转换为SFS，该脚本输出可适用于和∂a∂i两个进行群体历史研究的主流方法。

在进行时，以群体基因组重测序数据为例，涉及到的个体基本都是上百个，而其中大多数流程均是重复的步骤。本文将基于GATK进行SNP calling的流程写入循环，便于批量分析。

（Genome Analysis Toolkit）是进行DNA和RNAseq数据变异检测的常用工具，目前已成为变异检测的“金标准”。本文提供其与其他软件联合使用进行SNP calling的方法。

vcf数据是保存变异信息的主要数据格式，plink是进行全基因组关联分析（GWAs）分析的常用工具包，同时提供一系列数据转换、裁剪和遗传统计量计算工具。本文以实际数据提供基因组关联分析方法。

clermontyping是进行细菌分型的有效工具，本文解决依赖关系，提供基本调用方法。

最近在阅读文献时遇到了==“genomic island”“selective sweep”==比较难理解。之前在一篇综述（）中我一度以为自己已经理解了此概念，但是将自己理解的概念运用到研究性文章中却发生了诸多不符……

（gene silencing）是生物体中重要的分子生物学过程，一般由（small interference RNA）和（micro RNA）介导。而两种RNA由于其复杂的作用机制和高效的沉默效率，在过去20年来都是分子生物学研究的热点。由于两者的作用机制比较类似，所以在概念上极易混淆。

condasamtools最近在进行基因组SNPs的检测工作，在进行完一个read group的检测工作后，为了了解操作是否正确，想使用查看去重复后的比对情况。因为之前吃过环境污染的亏，所以习惯性的使用conda工具进行软件的安装和对应软件工作环境的管理，但是部分软件包由于其特殊性，conda环境下可能某些功能无法实现，比如samtools……

conda的安装与使用

k-mer分析原理，及jellyfish的应用

genomescope2.0的安装和应用

sra toolkit的安装、配置与基本功能的使用。

连锁不平衡

GWAs——全基因组关联分析三（关联分析）

GWAs——全基因组关联分析（质控2）

本内容参考AndriesT. Marees等方法（DOI：10.1002/mpr.1608），使用的程序包为PLINK v1.9，二进制数据来自的模拟数据（祖先来自欧洲西北部的犹他州居民），包含三个二进制数据“.bed”，包含所有患者和健康对照的基因型信息（次文件内容为二进制数据，方便计算机读取，不便于肉眼查看）。“.fam”，包含研究个体的谱系关系（父、母本）、性别和表型信息等。“.bim”，包含SNPs的位置信息（Table 1）。Table 1：PLINK支持的二进制文件后缀内容信息.bed。

GWAs基本流程

火山图的绘制及解读。