比较基因组学
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比较基因组学常用方法、工具及原理
Odd_guy
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SNPs检测——建立参考基因组索引
检测SNPs位点是利用的第一步,而基因组大小,以植物为例,多数都超过了500Mb,所以如何高效的利用参考基因组信息成为了生物信息学分析的一大问题。通过提取的关键信息,建立,以适应各工具包的工作需要是检测变异数据的第一步。原创 2023-04-26 23:51:55 · 2072 阅读 · 4 评论 -
记录自己在编译安装samtools时犯下的低级错误
condasamtools最近在进行基因组SNPs的检测工作,在进行完一个read group的检测工作后,为了了解操作是否正确,想使用查看去重复后的比对情况。因为之前吃过环境污染的亏,所以习惯性的使用conda工具进行软件的安装和对应软件工作环境的管理,但是部分软件包由于其特殊性,conda环境下可能某些功能无法实现,比如samtools……原创 2023-04-14 18:17:31 · 874 阅读 · 0 评论