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数量生态学
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集合数量生态学分析的方法和实践
城西小霸王
yo~
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微生物生态:从phyloseq对象输出β多样性箱线图
微生物生态:从phyloseq对象输出β多样性箱线图有些时候,β多样性的比较都是用排序的方法实现,但也可以换换口味,用箱线图比较,比如这样:这时候,需要利用Bray-Curtis,或者其他类型的距离矩阵,分组统计。如果你的距离矩阵包含在phyloseq里,那么下面的代码会帮你把phyloseq对象,转换为可以做箱线图的格式。library(phyloseq)physeq = merge_phyloseq(physeq, sampledata, random_tree)physeqwu = p原创 2020-12-11 09:04:07 · 3583 阅读 · 1 评论 -
使用R和Python操作大型数据文件
最近有些大型数据文件,每个大概500万行,用R read.delim或read.csv函数大概一个要读10分钟,于是在网上搜索快速解决方案,整理如下1. 读取大型文件工具:R data.table软件包函数:fread()> library(data.table)> dt1 <- fread("test.txt", sep = "\t",header = FALSE, na.strings = "NA") 实测,500万行,13列,64Gb Linux系统中,读取大概10原创 2021-04-05 16:33:17 · 333 阅读 · 2 评论 -
将散点图中的点根据分组与质心(centroid)相连
本文代码引用自:加拿大麦克马斯特大学数学与统计系教授Ben Bolker的Github页面(https://gist.github.com/bbolker/c2a8cff3c040f59195d3d5df5182cb5d#file-geom_cstar)ggplot2自带的stat_ellipse可以为分组添加椭圆,有些时候,我们想添加如图所示的质心连线,下面的公式简单易用:首先定义函数:library(ggplot2)StatCentSeg <- ggplot2::ggproto("Sta原创 2021-07-28 11:11:20 · 652 阅读 · 0 评论 -
超大量数据绘图
最近遇到个问题,需要做一个散点图,but,问题是有一千多万个点。R是可以做, but,内存不够,或者耗时,再或者输出文件巨大无比,用Adobe Acrobat打开文件一直在画圈。显然,需要换思路。网上找到一个可以从超大量数据中取样的方法,分享给有需要的人原文链接:Plotting of very large data sets in R重要前提:画图的目的是展示趋势,而不是具体看某些点的位置,否则,涉嫌操纵数据,请结合自身需求使用。Problem is you can’t load all da原创 2021-09-22 18:57:10 · 1752 阅读 · 0 评论