基因组
集聚基因组分析中的实用方法
城西小霸王
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基因组分析:VCF文件中位点提取以及R软件中的分析
VCF文件时基因组分析中最常见的文件类型,有时需要从中提取部分信息进行后续分析,在《vcf、plink文件格式互转》中我们已经提及了SNPs的提取方法:#在file.txt中, snp名字作为一列,无header,输出格式为vcfvcftools --gzvcf my.vcf --snps snps.txt --recode --recode-INFO-all --out filter.snp在实际应用中,还有许多变化,这里列出两个例子:1.根据染色体(CHR)和物理位置(PS)筛选SNP有些情原创 2021-09-23 13:54:45 · 11940 阅读 · 4 评论 -
vcf、plink文件格式互转
1.plink转vcfplink --file test --make-bed --out test_1 ###此步是将map和ped文件转换为二进制的文件plink --bfile test_1 --recode vcf-iid --out test_vcf ###这样就把plink文件转换成vcf格式了2. 将vcf格式文件转化为plink格式文件vcftools --vcf my.vcf --plink --out plink3. 也可使用plink进行转换plink --vc原创 2021-04-05 17:14:57 · 11541 阅读 · 4 评论