rdkit获取分子指纹

通过rdkit包,获取分子指纹ecfp4

from rdkit import Chem
from rdkit.Chem import AllChem
X = '[Br:117][c:3]1[cH:4][c:5]([C:9]2([CH2:12][C:13]([Cl:16])([Cl:15])[Cl:14])[CH2:11][O:10]2)[cH:6][cH:7][cH:8]1'
mol = Chem.MolFromSmiles(X)
fp = AllChem.GetMorganFingerprintAsBitVect(mol, 2)#将分子指纹以二进制形式进行存储
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