R Packages for GWAS and GS

最新推荐文章于 2024-05-11 12:12:06 发布
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分类专栏： GWAS
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rrBLUP(rrBLUPMethod6: re-parametrization of RR-BLUP to allow a fixed residual variance)

BLR(功能加强BGLR，目前不支持R 3.0版本)

synbreed(synbreedData)

randomForest

lme4：基本线性模型

genetics

QTLRel

GenABEL

snpStats(在bioconductor中)

GeneticsPed(在bioconductor中): calculation of genetic relatedness/relationship between individuals in the pedigree

SNPassoc

hglm

MCMCglmm

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swuteresa
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qqman：一个R包，用于根据GWAS结果创建QQ和曼哈顿图
02-05
qqman：一个R包，用于根据GWAS结果创建QQ和曼哈顿图
GWAS和GS的结合：Single Step GWAS的应用
邓飞----育种数据分析之放飞自我
08-28 3407
小编寄语 一直以来，GWAS和GS一直是分家的，各搞各的，交叉很少。两者都是基于统计分析，GWAS重点在于找到显著性的SNP位点，找到关联性状的基因。GS的重点在于计算个体的育种值，进行排名选择。 基因组选择基于BLUP的方法（GBLUP，SSGBLUP）省略了SNP效应的估算，直接计算育种值（BLUP），随着基因组选择在育种中广泛的实施，GS和GWAS的结合变得更有意义： GWAS得到的显著性...
利用GEMMA进行混合线性模型MLM的GWAS分析，以及数据的格式整理 遗传力预估
最新发布
2301_79620943的博客
05-11 1317
GEMMA是一个在生信学习过程中必不可少的软件，它拥有很多强大便捷的功能，今天我们来利用GEMMA计算混合线性模型，以寻找显著snp位点进行GWAS分析。下载后正常解压即可使用在GEMMA中，表型数据有不止一种的导入方式，可以自行建立list文件，将样本名和数值放在同一行，利用空格隔开，也可以在fam文件中导入。每种方式对应的后续引用命令不同，由于我建立列表总是识别出错，所以在这里我使用第二种方法。
BGLR包——基因组选择
这是一头小鹿
02-26 1588
BGLR: '贝叶斯广义线性回归'
Genome-wide association studies in R
勇敢的人先享受世界
01-27 1823
全基因组关联（GWA）研究扫描整个物种基因组，寻找多达数百万个SNPs与特定感兴趣特征之间的关联。值得注意的是，感兴趣的性状实际上可以是归因于群体的任何类型的表型，无论是定性的（例如疾病状态）还是定量的（例如身高）。本质上，给定p个SNP和n个样本或个体，GWA分析将拟合p个独立的单变量线性模型，每个模型基于n个样本，使用每个SNP的基因型作为感兴趣特征的预测因子。每个P检验中的关联显著性（P值）由相应SNP的系数估计确定（从技术上讲，关联的显著性为）。
.net安装_如何安装GWAS分析软件R包：GAPIT
weixin_39539807的博客
11-26 767
「太长不看版」 在R中运行下面命令即可安装成功PAPIT软件。# 安装GAPIT软件做GWAS分析 if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE)) install.packages("BiocManager") source("http://zzlab.net/GAPIT/GAPIT.library.R") source("http:...
R语言中查询和分析packages的方法汇总
01-06
寻找需要的R包对Rpackages的另一种查找方法–packagefinder::findPackage()根据关键词在CRAN上搜索packages的信息获取每个包每月的下载量列出了每个包在其生命周期内的总下载量可视化package下载情况查找R包最简单的...
Visual C++ Redistributable Packages for Visual Studio(32位资源)
07-21
《Visual C++ Redistributable Packages for Visual Studio：32位资源详解》 在软件开发领域，Visual C++ Redistributable Packages对于Visual Studio用户而言是至关重要的组件。它是一系列动态链接库（DLLs），...
R2WinBUGS：A packages for running WinBUGS from R
10-17
it is possible either to read the resulting data into R by the package itself—which gives a compact graphical summary of inference and convergence diagnostics—or to use the facilities of the coda ...
R for Everyone: Advanced Analytics and Graphics
06-16
Explore R, RStudio, and R packages Use R for math: variable types, vectors, calling functions, and more Exploit data structures, including data.frames, matrices, and lists Read many different types of...
R_packages.rar
01-16
总之，R_packages.rar提供的是一系列用于R语言开发和数据分析的工具集合，通过RStudio这个强大的IDE，用户可以方便地利用这些包进行各种复杂的数据处理和分析任务。无论是统计学家、数据科学家还是程序员，都能从中...
randomForest.pdf
02-16
MATLAB随机森林工具箱 RF_MexStandalone-v0.02_change.rar中函数的应用举例，以及变量的类型和解释。
使用BWGS进行基因型数据预测
weixin_71458119的博客
09-14 277
R语言中使用BWGS进行预测的一些注意事项以及要求的数据格式和具体的操作步骤
GAPIT 3.0：全基因组关联分析与预测软件最新版发布
刘永鑫的博客——宏基因组公众号
12-04 5920
近日，GPB在线发表了西南民族大学青藏高原动物遗传资源保护与利用（四川省、教育部）重点实验室题为“GAPIT Version 3: Boosting Power and Accuracy ...
GWAS之表型最优无偏预测（BLUP)与遗传力计算
hgz2020的博客
03-09 2155
blup值
R-GenVisR包-绘制snp突变landscape-瀑布图-参数详解
小孔乘象的天地
07-05 3867
绘图文件，此R包对输入文件格式进行了规定，R包可以通过搜索列文件名来找出作图所需要的信息。 文件格式可以为MAF、MGI和custom（自定义文件）三种，每种文件至少包含三列信息，分别如下： MAF必须包含以"Tumor_Sample_Barcode", “Hugo_Symbol”, “Variant_Classification"命名的列； MGI必须包含"sample”,“gene_name”,“trv_type"命名的列； Custom文件必须包含"sample”, “gene”, "variant_
Synbreed与rrBLUP
swuteresa的专栏
05-01 3378
Synbreed中的RRBLUP模型（用函数gpMod实现）与rrBLUP包中的kin.blup：若使用同一个数据集，同一个relationship矩阵，则得出的结果相近。 区别： 1.gpMod中使用的kin矩阵为kin.blup中kin矩阵的一半。 2.kin.blup结果中的Vg为gpMod结果中fit的分量sigma的第一个值kinTS的1000倍。 Vg：遗传方差 Ve：剩余方
synbreed R包学习系列1
邓飞----育种数据分析之放飞自我
07-31 1849
这是标题 只能说, csdn的写作环境太棒了, 特别是markdown中快捷键的使用, 写起来特别流畅, 我很喜欢这种感觉. 没事可干, 就用写博客的形式学习. 小鼠数据 数据描述 * 2527个个体有表型 * 两个性状:体重和日增重 * 1940个个体有基因型, 12545个SNP位点 处理思路 1, 将测序的个体表型值提取出来 2, 清洗SNP数据 3, 计...
R4.1.0版本安装synbreed包
Kacilaki的博客
08-03 1275
R4.1.0版本安装synbreed包 R更新到4.1.0后安装synbreed包报错了 package '***' is not available for this version of R 到官网去看了下，有最新的更新包，好耶！ヾ(✿ﾟ▽ﾟ)ノ（http://synbreed.r-forge.r-project.org/） 输入命令 install.packages("synbreed",repos="http://r-forge.r-project.org") 安装报错了，安装几个依赖包

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