R Packages for GWAS and GS

最新推荐文章于 2024-03-14 11:37:34 发布
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分类专栏： GWAS
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本文链接：https://blog.csdn.net/swuteresa/article/details/8541324
版权
这篇博客介绍了用于基因组广泛关联研究(GWAS)和基因组选择(GS)的R包，包括rrBLUP、BLR、synbreed、randomForest、lme4等。内容涉及机器学习和统计学习方法，如线性模型、遗传学分析工具和混合效应模型，为遗传学研究提供支持。
摘要由CSDN通过智能技术生成

rrBLUP(rrBLUPMethod6: re-parametrization of RR-BLUP to allow a fixed residual variance)

BLR(功能加强BGLR，目前不支持R 3.0版本)

synbreed(synbreedData)

randomForest

lme4：基本线性模型

genetics

QTLRel

GenABEL

snpStats(在bioconductor中)

GeneticsPed(在bioconductor中): calculation of genetic relatedness/relationship between individuals in the pedigree

SNPassoc

hglm

MCMCglmm

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qqman：一个R包，用于根据GWAS结果创建QQ和曼哈顿图
02-05
qqman：一个R包，用于根据GWAS结果创建QQ和曼哈顿图
GWAS和GS的结合：Single Step GWAS的应用
邓飞----育种数据分析之放飞自我
08-28 3585
小编寄语 一直以来，GWAS和GS一直是分家的，各搞各的，交叉很少。两者都是基于统计分析，GWAS重点在于找到显著性的SNP位点，找到关联性状的基因。GS的重点在于计算个体的育种值，进行排名选择。 基因组选择基于BLUP的方法（GBLUP，SSGBLUP）省略了SNP效应的估算，直接计算育种值（BLUP），随着基因组选择在育种中广泛的实施，GS和GWAS的结合变得更有意义： GWAS得到的显著性...
BGLR包——基因组选择
这是一头小鹿
02-26 1787
BGLR: '贝叶斯广义线性回归'
Genome-wide association studies in R
勇敢的人先享受世界
01-27 1867
全基因组关联（GWA）研究扫描整个物种基因组，寻找多达数百万个SNPs与特定感兴趣特征之间的关联。值得注意的是，感兴趣的性状实际上可以是归因于群体的任何类型的表型，无论是定性的（例如疾病状态）还是定量的（例如身高）。本质上，给定p个SNP和n个样本或个体，GWA分析将拟合p个独立的单变量线性模型，每个模型基于n个样本，使用每个SNP的基因型作为感兴趣特征的预测因子。每个P检验中的关联显著性（P值）由相应SNP的系数估计确定（从技术上讲，关联的显著性为）。
使用BWGS进行基因型数据预测
weixin_71458119的博客
09-14 355
R语言中使用BWGS进行预测的一些注意事项以及要求的数据格式和具体的操作步骤
Visual C++ Redistributable Packages for Visual Studio(32位资源)
07-21
《Visual C++ Redistributable Packages for Visual Studio：32位资源详解》 在软件开发领域，Visual C++ Redistributable Packages对于Visual Studio用户而言是至关重要的组件。它是一系列动态链接库（DLLs），...
Visual C++ Redistributable Packages for Visual Studio（64位资源）
07-21
标题提及的是"Visual C++ Redistributable Packages for Visual Studio（64位资源）"，这意味着这是一个针对64位操作系统的运行时库包。在64位Windows系统上，某些应用程序需要对应的64位版本的运行时库才能正常工作...
Visual C++ Redistributable Packages for Visual Studio 2013.zip
08-14
《Visual C++ Redistributable Packages for Visual Studio 2013：编程环境的关键组件》 在软件开发领域，尤其是涉及到Windows平台的应用程序，Visual C++ Redistributable Packages扮演着至关重要的角色。这些 ...
Visual C++ Redistributable Packages for Visual Studio 2013
02-28
《Visual C++ Redistributable Packages for Visual Studio 2013：详解与应用》 Visual C++ Redistributable Packages是微软为Visual Studio开发环境提供的重要组件，尤其在2013版本中，它扮演着不可或缺的角色。...
GWAS分析软件GAPIT使用说明
08-28
GAPIT（Genome Association and Prediction Integrated Tool）是一个用于基因关联研究和预测的软件包，由美国康奈尔大学的开发人员开发。GAPIT是一个高效的工具，用于对基因组数据进行统计分析、进行连锁不平衡分析、进行基因型-表型关联分析、进行群体结构和亲缘关系分析等。GAPIT整合了多种方法，包括线性模型、广义线性模型和随机森林等，可以用于不同类型的基因型数据，如单核苷酸多态性（SNP）和互补DNA（cDNA）序列。 GAPIT可用于研究不同物种的基因组结构，并可以分析基因型和表型之间的关联。它能够帮助研究人员进行基因型-表型关联分析、进行群体结构和亲缘关系分析，从而对不同物种进行快速、准确的基因关联分析和预测。 GAPIT还提供了可视化工具，在对结果和研究发现进行可视化方面提供支持。它是一个高效、易于使用和开放源代码的软件，已经成为基因组数据分析中的常用工具之一。最近的研究已经证明，GAPIT是用于基因关联研究和预测的最佳工具之一，并且已广泛应用于许多研究领域。
plinkr:使用R中的PLINK
04-16
熟料 使用R中的PLINK 特征 []安装PLINK []卸载PLINK []确定是否安装了PLINK
运用gemma软件做GWAS
rongrongnancy的博客
03-01 3465
gemma软件添加协变量PCA做GWAS分析
GEMMA做GWAS分析（二）
weixin_43232859的博客
11-18 4629
在这里插入代码片cd bisoft/gemma/bin 在这里插入代码片gemma 在这里插入代码片./gemma -h 1 寻求帮助 首先使用plink文件将PED文件进行转换成bim,bed,fam三个文件，命令程序 在这里插入代码片plink --file [file_prefix] --make-bed --out [bedfile_prefix] 将fam文件中最后一行的表型值换成真正...
R-GenVisR包-绘制snp突变landscape-瀑布图-参数详解
小孔乘象的天地
07-05 3943
绘图文件，此R包对输入文件格式进行了规定，R包可以通过搜索列文件名来找出作图所需要的信息。 文件格式可以为MAF、MGI和custom（自定义文件）三种，每种文件至少包含三列信息，分别如下： MAF必须包含以"Tumor_Sample_Barcode", “Hugo_Symbol”, “Variant_Classification"命名的列； MGI必须包含"sample”,“gene_name”,“trv_type"命名的列； Custom文件必须包含"sample”, “gene”, "variant_
GEMMA 全基因组关联分析+CMplot多性状曼哈顿+QQ图脚本
weixin_42537753的博客
04-23 4245
这里写自定义目录标题GEMMA 全基因组关联分析+CMplot多性状曼哈顿+QQ图脚本 GEMMA 全基因组关联分析+CMplot多性状曼哈顿+QQ图脚本 ###GEMMA 全基因组关联分析+CMplot多性状曼哈顿+QQ图脚本 #作者：刘济铭 ########################## GWAS理论和基本结果理解已经有很多大神进行了解读，因此不再赘述，想要学习请移步知乎或各大基因课平台学习。本人发现目前缺乏具体实用脚本，因此本帖只提供本人脚本供大家交流学习，本人脚本不是最好肯定也会存在问题，请大
笔记 GWAS 操作流程5-2：利用GEMMA软件进行LMM+PCA+协变量
邓飞----育种数据分析之放飞自我
06-04 5392
这里，我们用正常的GWAS分析，考虑所有的协变量（数值协变量+因子协变量）+ PCA协变量，然后用混合线性模型进行分析。 1. 协变量文件 c.txt文件 1 1 0 0 -0.0169445 0.00772371 -0.0297288 1 2 0 0 -0.0119765 0.0141166 -0.0354039 1 1 0 0 -0.0165762 0.0130623 -0.026648 1 1 0 0 -0.0143089 0.0136588 -0.0382026 1 1 0 0 -0.0136058
GEMMA: 基因组关联分析工具
gitblog_00084的博客
03-14 594
GEMMA: 基因组关联分析工具 GEMMAGenome-wide Efficient Mixed Model Association项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/gem/GEMMA GEMMA（Genome-wide Efficient Mixed Model Association）是一种用于基因组关联分析（GWAS）的高效软件包。它主要用于检测基因...
统计遗传学：第二章，统计分析概念
邓飞----育种数据分析之放飞自我
06-23 1425
大家好，我是飞哥。前几天推荐了这本书，可以领取pdf和配套数据代码。这里，我将各个章节介绍一下，总结也是学习的过程。引文部分是原书的谷歌翻译，正文部分是我的理解。第一部分基础，分为六个章节，分别是：今天，介绍第二章的内容，统计分析概念，看一下目录：本章节包括：飞哥笔记：统计遗传学，不但要学习遗传学、分子生物学，更要学习统计学，通过统计参数去描述遗传学的一些特性，总结一些规律，是非常重要的。飞哥笔记：在统计遗传学中，很少有方差分析，都是回归分析，二分类性状是logistic模型，连续性状是一般线性模型或者混合
利用R语言进行GWAS分析数据预处理代码
最新发布
09-07
在R语言中进行基因组广谱关联研究（GWAS）的数据预处理通常包括以下几个步骤： 1. 数据导入：首先需要将GWAS研究中的原始数据导入到R环境中。这通常涉及到读取数据文件，例如PLINK格式的 PED/MAP 文件，或者其他基因型数据格式如VCF等。 2. 数据清洗：导入数据后，需要对数据进行清洗，包括检查并处理缺失数据、异常值、单核苷酸多态性（SNP）的缺失率、个体的缺失率、杂合度偏差等。 3. 数据转换：为了方便后续分析，可能需要对数据格式进行转换，比如将字符型数据转换为数值型数据，或者转换成适合统计模型分析的格式。 4. 数据关联：在预处理的过程中，可能还需要进行数据关联，例如将基因型数据与表型数据、样本信息等进行关联。 以下是一个简单的R代码示例，展示如何使用R语言进行GWAS数据的预处理： ```R # 安装并加载需要的包 if (!require("SNPRelate")) { install.packages("SNPRelate") } library(SNPRelate) # 读取数据文件，这里以PLINK的PED/MAP文件为例 ped_data <- read.table("your_data.ped", header = TRUE) map_data <- read.table("your_data.map", header = TRUE) # 合并PED和MAP数据 gwas_data <- merge(ped_data, map_data, by = "FID") # 数据清洗：比如检查缺失数据 # 假设我们的数据中SNP标记为"Snp1"，表型变量为"Phenotype" gwas_data_clean <- na.omit(gwas_data[, c("Snp1", "Phenotype")]) # 数据转换：根据需要进行数据类型转换 # 这里假设我们需要将字符型的SNP数据转换为数值型 gwas_data_numeric <- as.data.frame(lapply(gwas_data_clean, as.numeric)) # 保存预处理后的数据 write.table(gwas_data_numeric, "gwas_data_preprocessed.txt", sep = "\t", row.names = FALSE) ``` 请注意，以上代码仅为示例，实际的数据预处理流程可能会更复杂，需要根据具体数据和分析需求来调整代码。
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