小糖同学的专栏

MISIM:mircoRNA 功能相似性查询数据库MISIM是一个可以用来预测miRNA之间功能相似性的数据库。http://www.lirmed.com/misim/Home如上图所示，MISIM一共分为五个功能。其中两个是比较miRNA之间的相似性的功能。其中分别是输入多个miRNA，比较miRNA之间的相似性。另外一个是输入一个miRNA，寻找和这个miRNA功能相似的miRNA。剩下的三个是用来预测miRNA和疾病之间相似性的数据库。MISIM 2.0的数据基于HMDD v3.0数据库

TransmiR:转录因子和miRNA调控关系数据库mRNA可以翻译成各种功能的蛋白，其中有一类研究调控蛋白研究的非常火热，即转录因子transcription factor, 简称TF,TF参与调控转录起始过程，是研究转录调控必不可少的一环。miRNA可以与mRNA结合，发挥转录后调控功能, 二者都是生物体内调控网络中的重要组成部分。对于生物体内的调控关系，研究的比较多的是TF-mRNA, ...

HMDD:miRNA相关疾病数据库HMDD是一个手工收集整理的miRNA与疾病相关联的数据库，最新版本为V3.2，网址如下http://www.cuilab.cn/hmdd共包含1206个miRNA基因，893种疾病，35547个miRNA与疾病的关联数据，对于每个miRNA与疾病之间的关联，都有对应的文献，会给出pubmed ID。通过Browse功能，可以从miRNA和disea...

miRDB:软件预测的哺乳动物miRNA靶基因数据库miRDB通过MirTarget这个软件预测了人，小鼠等多个物种的miRNA靶基因信息，并将其整理成了数据库，网址如下http://www.mirdb.org/该数据库中涵盖的物种如下huamanmouseratdogchicken每个物种相关的miRNA和靶基因数量统计如下除了提供软件预测的靶基...

TargetScan:哺乳动物miRNA靶基因数据库哺乳动物中的miRNA通过结合转录本序列的3’UTR区，从而发挥转录后调控作用。TargetScan是一个专门分析哺乳动物miRNA靶基因的软件，并且根据已有的分析结果整理成了数据库，网址如下http://www.targetscan.org/vert_72/根据不同的代表物种，分成以下几个子数据库TargetScanHuman...

miRTarBase:实验验证的miRNA靶基因数据库简介miRTarBase是一个手工收集的，经过实验验证过的miRNA靶基因数据库（MTI, MicroRNA-Target Interactions），网址如下http://mirtarbase.mbc.nctu.edu.tw/php/index.php自miRTarBase数据库于2011年首次亮相以来，miRNA与靶基因相关信...

miRWalk:综合型的miRNA靶基因数据库miRWalk是一个综合性的miRNA靶基因数据库，收录了人，小鼠等多个物种的miRNA靶基因信息，和mirDIP类似，也是一个整合型数据库，整合了来自miRDB, TargetScan, miRTarBase等数据库中的信息，网址如下http://mirwalk.umm.uni-heidelberg.de/该数据库中共包含以下5个物种的mi...

图卷积网络（Graph Convolutional Network，GCN）是近年来逐渐流行的一种神经网络结构。不同于只能用于网格结构（grid-based）数据的传统网络模型 LSTM 和 CNN，图卷积网络能够处理具有广义拓扑图结构的数据，并深入发掘其特征和规律，例如 PageRank 引用网络、社交网络...

mirDIP:最全面的人类miRNA靶基因数据库mirDIP集成了30个来源数据库中human相关的靶基因信息，网址如下：http://ophid.utoronto.ca/mirDIP/index.jsp数据库的主页分为三块：标题，mirDIP的完整名称，microRNA Data Integration Portal，很清楚的告诉我们这个是一个整合数据库。工具栏，分为Unidir...

    有时候装python库的时候，会出现Microsoft visual c++ 14.0 is required的问题，用离线安装还是没有用。    就只能乖乖装Microsoft visual c++ 14.0了，找了好多找不到包，最后找到了...

RNAcentral:非编码RNA数据库RNAcentral是由EBI开发的一个非编码RNA数据库，整合了Ensembl,GENCODE,LNCipedia, miRbase, Rfam等多个数据库中的非编码RNA信息，旨在为ncRNA的研究提供一个统一的参照，网址如下https://rnacentral.org/目前最新版本为v10, 整合了来自miRBase v22和LNCipedi...

Rfam——非编码RNA家族数据库Rfam是一个RNA分类信息的数据库，根据多序列比对结果，二级结构的一致性，协方差模型对各种RNA及顺式作用元件进行了分类整理，网址如下http://rfam.xfam.org/最新版本为14.1, 在Rfam数据库中，包括以下3大功能类型的分子ncRNA genescis-regulatory elementsself-splici...

xls 文件就是Microsoft excel电子表格的文件格式。csv（Comma Separated Value）是最通用的一种文件格式，它可以非常容易地被导入各种PC表格及数据库中。此文件，一行即为数据表的一行。生成数据表字段用半角逗号隔开。CSV是文本文件,用记事本就能打开,xls是二进制的文件只有用EXCEL才能打开CSV（以逗号分隔）csv文件是以逗号为分隔符号,将各字段列分离...

想在深度学习程序运行时动态存下来一些参数。存成Excel文件查看方便，就查了几种方法，做个测试。因为我平常也不怎么用 Excel，简单的存取数据就够了。xlwt/xlrd库 ①存Excel文件：（如果存储数据中有字符，那么写法还有点小小的变化）import xlwt workbook = x...

miRNA数据库篇——mirBase（序列数据库）miRbase 是由曼彻斯特大学的研究人员开发的一个在线的miRNA数据库（序列数据库），该数据库中收录了来自200多个物种，接近4万个miRNA的信息，是最全面的miRNA数据库，网址如下http://www.mirbase.org/index.shtml主页面：①：导航栏Home：首页Search：课通过多种方式检索miRNA...

miRNA的研究起步很早，最早发现的miRNA是线虫中的let-7 和lin-4，随着越来越多的miRNA被发现，为了方便学术交流，有科学家提出了一套统一的命名规范，对应的文献如下...

microRNA简介转录本的类型是多种多样的，除了编码蛋白的RNA外，还有很多非编码蛋白的RNA, noncoding RNA, 简称ncRNA。 在ncRNA中，根据长度又分成两类，长链非编码RNA, 指的是长度在200bp以上的非编码RNA, 缩写为lncRNA; 对于长度在50bp以下的RNA, 统称为small RNA。small RNA包含了很多类型的小RNA, 比如miRNA, &nb...

一,多分类的混淆矩阵多分类混淆矩阵是二分类混淆矩阵的扩展祭出代码,画线的那两行就是关键啦:二,查看多分类的评估报告祭出代码,使用了classicfication_report()三,宏平均与微平均公式是神看的,我是学弱...直接看例子,没有复杂的公式:宏平均微平均宏平均和微平均的对比如果每个class的样本数量差不多,那么宏平均和微平均没有太大差异如果每个cl...

RNN（ Recurrent Neural Networks循环神经网络）循环神经网络的主要用途是处理和预测序列数据，在全连接神经网络或卷积神经网络中，网络结果都是从输入层到隐含层再到输出层，层与层之间是全连接或部分连接的，但每层之间的结点是无连接的。考虑这样一个问题，如果要预测句子的下一个单词是什么，一般需要用到当前单词以及前面的单词，因为句子中前后单词并不是独立的，比如，当前单词是“很”，前...

作者：张俊林链接：https://www.zhihu.com/question/68482809/answer/264632289来源：知乎著作权归作者所有。商业转载请联系作者获得授权，非商业转载请注明出处。    上述内容就是经典的Soft Attention模型的基本思想，那么怎么理解Attention模型的物理含义呢？一般在自然语言处理应用里会把Att...