miRNA数据库篇——miRWalk:综合型的miRNA靶基因数据库

miRWalk:综合型的miRNA靶基因数据库

miRWalk是一个综合性的miRNA靶基因数据库，收录了人，小鼠等多个物种的miRNA靶基因信息，和mirDIP类似，也是一个整合型数据库，整合了来自miRDB, TargetScan, miRTarBase等数据库中的信息，网址如下

http://mirwalk.umm.uni-heidelberg.de/

该数据库中共包含以下5个物种的miRNA靶基因信息

1. human

2. mouse

3. rat

4. dog

5. cow

官网提供了两种检索功能

1. 一次检索一个miRNA/gene

检索框如下

对于miRNA, 支持mirBase数据库中的ID和编号，也支持miRNA family的名字。

对于Gene, 支持gene symbol, Entrez Id, Ensembl-ID等多种格式，也支持输入对应的转录本ID, 比如Refseq和Ensembl数据库中的转录本ID。

检索结果如下所示

页面非常简洁，只有一个结果下载的功能。

2. 一次检索多个miRNA/gene

检索框如下

支持一次检索多个miRNA或者Genes，适用于分析转录组数据得到的差异gene/miRNA对应的靶标信息，也支持按照pathways进行检索，适用于直接从功能角度研究某条通路下的靶标信息。

以Genes为例， 检索结果如下

最上方的下拉列表，可以对结果进行筛选，即可以筛选多个数据库中共有的靶基因信息，也支持根据结合区域所在位置和score值进行筛选。

除了结果导出外，还提供了miRNA和靶基因之间的调控网络可视化功能Graph和基因集富集功能GSEA。

对于Graph而言，结果示意如下

用黄色代表miRNA, 蓝色代表gene, 支持导出为SVG, PNG, JPG等格式。
对于GSEA而言，支持以下功能的富集分析

1. reactome pathway

2. kegg pathway

3. Gene ontology

结果示意如下

相比mirDIP, miRWalk提供的物种更多，而且调控网络的可视化和GSEA富集功能也非常的实用，但是由于整合的数据集较少，如果只是分析human中的miRNA靶基因信息，用mirDIP会更加全面一些。