miRNA数据库篇——Rfam数据库

Rfam——非编码RNA家族数据库

Rfam是一个RNA分类信息的数据库，根据多序列比对结果，二级结构的一致性，协方差模型对各种RNA及顺式作用元件进行了分类整理，网址如下

http://rfam.xfam.org/

最新版本为14.1, 在Rfam数据库中，包括以下3大功能类型的分子

1. ncRNA genes

2. cis-regulatory elements

3. self-splicing RNAs

进一步对其进行更为细致的划分，详细列表如下所示

（上图来自生信修炼手册）

在对这些数据进行分类时，提供了两个层次的分类，family和clan。对于family而言，其成员是上述各种类型的RNA;对于clan而言，其成员是各个family。

通过官网的Browser功能，可以方便的浏览数据库中的内容，根据类型的不同进行数据检索。

1. family

每个family采用RF开头的编号唯一识别，示意如下

以上图中的RF02924为例，该家族的名字为skipping-rope, 对应类型为Gene; sRNA, 该家族包含来自360个物种的RNA分子。

对于多序列比对的信息，同时提供了seed和full两种，其中seed是手工整理的已知的该家族成员的多序列比对结果，而full是该家族所有成员序列的多序列比对结果。

2. clan

每个clan采用CL开头的编号唯一识别，示意如下，以下图中的CL00051为例，包含了11个family。

3. genome

示意如下

以human为例，可以看到对应的序列数和family个数

点进去可以查看human的family信息：

选择左侧栏的miRNA选项，就可以查到此数据库收录的人类miRNA：

4. sequence

根据序列检索

KB707684.1对应的序列详情如下

通过FTP功能，可以下载该数据库中的内容，FTP链接如下

ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/Rfam

可下载不同版本的数据库数据。

最新的14.1版本：

数据库中不仅提供了fasta格式的序列信息，也提供了CM模型，通过infernal软件可以利用这些模型对RNA序列进行判断，从而分析RNA序列对应的family信息。

参考资料：
作者：生信修炼手册
链接：https://www.jianshu.com/p/2f63ee75cf27
来源：简书