miRNA数据库篇——miRDB:软件预测的哺乳动物miRNA靶基因数据库（假阳性较高）

miRDB:软件预测的哺乳动物miRNA靶基因数据库

miRDB通过MirTarget这个软件预测了人，小鼠等多个物种的miRNA靶基因信息，并将其整理成了数据库，网址如下

http://www.mirdb.org/

该数据库中涵盖的物种如下

1. huaman

2. mouse

3. rat

4. dog

5. chicken

每个物种相关的miRNA和靶基因数量统计如下

除了提供软件预测的靶基因结果外，该数据库还做了一个文献整理的工作，将报导了miRNA前体或者成熟miRNA功能的相关文献收集整理，汇总形成了一个miRNA功能数据库，称之为FuncMir, 该数据库包含了人和小鼠这两个物种中的miRNA信息，示意如下

点击红色链接可以查看详细信息和相关的pubmed文献。
官网提供了两种检索功能

1. target search

该功能一次只可以检索一个miRNA后者gene, 检索框如下所示

2. target mining

该功能用于一次检索多个miRNA或者gene,检索框如下所示

检索结果如下所示

结果会按照TarGetScore进行排序，由于是软件预测的结果，score值越高，可信度也越高。通常认为score大于80的结果是相对可靠的，而低于60的话可信度就很差了。

该数据库提供了下载功能，可以方便的下载数据库中的所有信息，示意如下

miRDB本质上是一个软件预测的miRNA靶基因数据库，如果只看这一个数据库，结果的假阳性率会比较高，最好的做法是结合多个软件预测或者数据库的结果，类似miRWalk数据库的思路，来弥补单一软件算法的不足之处。