【UCSC Genome Browser】比老东家还出名的基因组数据库

UCSC基因组浏览器，比老东家还出名的数据库

对于生命科学从业者来讲，UCSC基因组浏览器可能并不陌生，这可是基因组的大百科全书，但是UCSC是什么呢…好像是加州大学。。什么。。什么。。分校。
好吧，我们一起百度下 UCSC

最先搜索出来的是UCSC Genome Browser，其次才是他的老东家 加州大学圣克什么。。分校（当然，这不重要…）

果然是一款比老东家还要出名的基因组数据库。

因为平时工作中经常会用到这个数据库，宝藏一般汇聚了各类信息，使你的工作事半功倍。所以计划仔细研究下这个数据库，同时整理出来分享给大家。

UCSC Genome Database（http://genome.ucsc.edu/）是加州大学圣克鲁兹分校（UCSC）创立和维护的一个重要的生物学数据库，也是基因组研究过程中广泛使用的数据库。它包含了大量基因组数据，包括 基因注释信息（ENCODE ）、基因组间的比对信息、重复序列、同源序列、 参考序列（mRNA, EST ）、表型、表达谱、调控信息、保守性、变异、重复区域等一系列信息

UCSC 数据库提供了可视化工具 Genome Browser 去浏览基因组信息，对于浏览特定的感兴趣的区域是很有用的。可以针对自己的需要选择合适的类型进行分析。
UCSC 基因组数据库主要包含以下几个模块：

• Mapping and Sequencing

• Genes and Gene Predictions

• Phenotype and Literature

• mRNA and EST

• Expression

• Regulation

• Comparative Genomics

• Neandertal Assembly and Analysis

• Denisova Assembly and Analysis

• Variation

• Repeats

  每个模块下又包含了诸多子类，我会逐一的对每个模块进行介绍。