materials studio 中perl的使用

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Materials Studio中所使用的脚本文件分为两种:BTCL脚本和Perl脚本。

       其中,Perl脚本语言为一种广泛应用的计算机语言,被MS软件借用为脚本语言,可以利用MS内含的Perl语言编辑器和Perl语言解释器进行脚本的编译和执行。但是,并非所有的模块都可以被Perl脚本调用。在MS软件中,可以使用Perl脚本的模块包括:CCDC、DMol3、Mesocite、Forcite、Polymorph 和 Reflex 。

 

Perl脚本可应用的模块:

Materials脚本应用编程接口(MaterialsScript Application Programming Interface(API))

Materials脚本应用编程接口(API)是一个可以应用Perl等脚本语言来控制Materials Studio程序和Materials服务器的对象模块(object model)。

MS脚本可应用于:文件操作、模块调用和工具调用

文件:
三维模型文件(3D Model Document)
    
       1)三维原子文件(3D Atomistic)
       2)三维原子集文件(3D Atomistic Collection)  
       3)三维原子轨迹文件(3D Atomistic Trajectory)

力场文件(Forcefield Document)
表格文件(Study Table Document)
文本文件(Text Document)

模块:

CCDC
DMol3
Mesocite
ForCite
Polymorph
Reflex

工具:

Atom  Volumes  Surfaces
BondCalculation
CoarseGrainer
CrystalBuilder
LayerBuilder
PolymerBuilder
SurfaceBuilder
Symmetry

 

Materials脚本Perl包(MaterialsScript Perl Package)

描述

MaterialsScript是一个可以让Perl脚本调用Materials Studio模块的Perl包(预先提供并放在MS特定目录下的Perl文件,包含特定的函数以供Perl脚本调用)的文件名称。


使用MaterialsScript Perl package

直接使用下面的命令行进行调用:

use strict;
use MaterialsScript qw(:all);

strict命令可用可不用,但强烈建议使用。因为该命令可以限制对不安全、不严谨、可能出错的语法结构的使用。可以单独调用MS的某一模块(Components),也可以使用 qw(:all)直接导入所有模块(或者说完整的API)。

也可以只调用部分MaterialsScript Package中的内容,如:

use MaterialsScript qw(Documents);

use MaterialsScript qw(Modules collection);

use MaterialsScript qw(Tools);


函数(Functions)

MaterialsScript Package定义了大量的有效函数以便使MS组块(component)更易使用,如:

Settings   一个用于在运行一个脚本执行特定模拟计算时定义一系列设置的函数。

use MaterialsScript qw(Tools); 
my @setting= ;



http://perl.ac.cn/example/perl_material.html
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1.1量子力学方法 1.1.1 CASTEP CASTEP由Cambridge大学Mike Payne教授发布,采用密度泛函理论、平面波赝势法(用平面波描述外层价电子,内层电子用赝势代替),进行第一性原理量子力学计算的程序。其总能量包含动能、静电能和交换关联能三部分,各部分能量都可以表示成密度的函数。电子与电子相互作用的交换和相关效应采用局域密度近似(LDA)或广义密度近似(GGA),静电势只考虑作用在系统价电子的有效势(即赝势:Ultrasoft 或norm-conserving),电子波函数用平面波基组扩展(基组数由Ecut-off确定),电子状态方程采用数值求解(积分点数由FFT mesh确定),电子气的密度由分子轨道波函数构造,分子轨道波函数采用原子轨道的线性组合(LCAO)构成。计算总能量采用SCF迭代。CASTEP在计算分子、固体、表面、界面、掺杂、错位等方面非常有优势。 主要功能及特性:  支持 PBE、PBE0、HSE03、HSE06以及SCAN meta-GGA 等交换关联泛函;  能量计算:形成能、吸附能、缺陷形成能、内聚能、表面能等;  结构优化:力与应力的计算、几何驰豫(原子坐标、晶胞参数、键长、键角、)等;  过渡态:过渡态搜索等;  电子结构:能带、态密度(局域、分波)、声子谱、电荷密度、差分电荷密度、电子局域函数、电子轨道、扫描隧道显微镜STM模拟、共价键级、静电势(支持可视化)、静电荷(Mulliken、Hirshfeld)、功函数、自旋极化(共线、非共线)、支持旋轨耦合、费米面、支持利用On-the-fly 生成模守恒(normconserving)赝势,特别适用于计算磁性材料和包含f电子的元素;  介电性质:波恩有效电荷、静态介电常数张量、极化率张量;  力学性质:弹性力常数张量,体模量,剪切模量,杨氏模量,泊松比;热力学性质:声子态密度、色散谱、熵、焓、自由能、零点能、德拜温度、等容热容随温度的变化曲线;  光学性质:红外光谱、拉曼光谱5.0、核磁共振谱(NMR CASTEP,可用DFT+U)、电子能量损失谱4.4(旋轨耦合效应5.5)、X射线吸收谱4.4(旋轨耦合效应5.5)、光频介电常数虚(实)部、吸收系数、折射率、能量损失函数、光导率虚(实)部;  动力学计算:支持NVE、NVT、NPT以及NPH等系综,以及多种控温控压函数;

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