生信 | 细节提升——如何获得一个GSE的平台信息GLP?

本文介绍了两种方法来获取GEO数据集中GSE对应的GPL号。传统方法是在GEO网站上检索,而本文推荐了一个适用于初学者的R语言小技巧。通过在R中直接运行命令`gset[[1]]@annotation`,可以避免在不同界面间切换,提高数据挖掘和分析的工作效率。关注LN生物笔记公众号和知乎小宇账号获取更多教学内容。

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可能很多人看到这个标题都想问一句:这个还用教?直接在GEO中看不就行了吗?

没错,去GEO上检索GSE对应的GPL号确实是大家非常常用的一种方法,也是最原始的一种方法。今天在这里讲的其实是一个更简便的小技巧,适合初学者使用。


方法一:去GEO上检索GSE对应的GPL号


这个方法不多讲,大家都会的。

方法二:用R语言命令

gset[[1]]@annotation


这里的gset是我们已经导入进R语言的GSE数据集,通过这个命令,可以简化我们的操作步骤。

如果不知道这个命令,很多初学者可能的操作步骤为:R语言导入表达矩阵→浏览器检索GPL→R语言中输入。这样的步骤比较繁琐,需要来回切换电脑界面。而如果我们掌握这个小技巧,所有GEO数据挖掘和分析的步骤都可以在R中完成,就不需要来回切换界面,提高工作效率。

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