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RSS订阅原创 Tanycyte的中文翻译（长突胶质细胞）
Tanycyte的中文翻译（长突胶质细胞）Tanycyte是近些年来神经科学领域研究中的一个新兴细胞。随着研究的不断深入，学着们对于它的认识也在逐渐清晰，它在神经系统的各种活动中发挥着关键的作用。但是关于这么一个重要的细胞，现在还没有一个确切的中文翻译名称来定义它。那么这篇文章我就想谈谈我对Tanycyte中文翻译的一点想法。
2024-04-11 13:23:11
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原创 生信 | 细节提升——如何获得一个GSE的平台信息GLP？
可能很多人看到这个标题都想问一句：这个还用教？直接在GEO中看不就行了吗？没错，去GEO上检索GSE对应的GPL号确实是大家非常常用的一种方法，也是最原始的一种方法。今天在这里讲的其实是一个更简便的小技巧，适合初学者使用。这个方法不多讲，大家都会的。
2022-12-24 19:23:32
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原创 R语言 | GEO表达矩阵的数据清洗与预处理
表达量矩阵的数据清洗应该在注释完成之后进行，并且下列操作最好按顺序进行如下图的表格所示，同一个探针ID对应的gene有多个，用///分隔着，而我们想获得一个探针ID只对应一个基因symbol的表格。表达矩阵注释过后，通常会有一些基因名是重复Gene.symbol：是需要去重的所在例名data：是表达矩阵删除Symbol行
2022-12-03 20:48:35
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原创 R语言 | 利用Bioconductor包注释探针，进行探针ID转换
使用R语言实践二之数据预处理、探针ID转换、探针去重 - 简书 (jianshu.com)
2022-12-03 14:54:09
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原创 R语言 | gset的数据结构
参考文章：GEO数据库表达数据的提取以及limma包进行差异分析 - 腾讯云开发者社区-腾讯云 (tencent.com)
2022-12-01 21:42:15
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原创 R语言 | GEO数据库下载GSE基因芯片 以及表达矩阵和临床信息的提取
如果只有一个就还好，如果有两个就说明数据是存在于两个平台的，不要遗漏了。最后将数据框输出为csv文件，这个时候如果直接用write.table()函数的话，会造成列名左移的情况，解决办法参见我之前的文章。只能提取该GSE中一个GPL，不注意这点就会遗漏掉另一个GPL的数据。如果你的GSE只有一个GPL，那么从gset中就仅含有一列数据，也就是说。的意思是，从gset这个对象中提取第一列数据。你的GSE只有两个GPL，那么从gset中就有两列数据，运行后，会得到一个叫做“gset”的“对象”。
2022-11-30 15:07:10
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原创 R语言 ggplot报错Removed 1 rows containing missing values (`geom_point()`).
（1）首先是因为我的数据里存在空白，即存在数据都是0的情况，这样通过差异表达分析算出来的pvalue和adj-q都是NA，所以才会报错。（2）然后我还发现，是因为我设置的x轴和y轴范围没有把所有数据囊括进去，这是我原始设置的值。运行ggplot画火山图时，最后给我报了两行提醒，经过我查询资料终于找到了报错的原因。但是通过对数据从大到小排序发现，我的数据里还存在一个超过了8的数据。然后通过我增大x轴范围，就解决了报错问题。然后我用一行代码进行了数据清理。但是运行后还是继续报错。
2022-11-25 15:36:11
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原创 R语言 | 编程中的常见错误
这个路径是不能直接复制粘贴在R语言代码中的。R语言中，要把 “ \ ”替换成“ / ”才不会报错。比如，C:/Users/Dell/Desktop/UPMs-target geneID.CSV。我们在电脑上打开”属性“查看文件的路径，通常都会用“ \ ”符号。
2022-11-10 18:46:14
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原创 R语言 | 运行程序之前的准备工作
ls()——返回当前工作环境里所有变量的名称。rm(list=ls())——所有变量都删除。rm()——删除变量名称。rm(a)——删除变量a。例如，a=1,b=2,
2022-11-10 18:39:12
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空空如也
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