plink --update-name 生成新的variant id（SNP名称）

最新推荐文章于 2023-07-24 15:50:49 发布
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分类专栏： Timo学习笔记 文章标签： shell 服务器
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1000G的文件下下来发现没有variant id，导致plink有些需要指明位点的功能无法操作

 plink2 --bfile chr1 --set-all-var-ids @:# --make-bed -out chr1

其中@:#表示chr和bp以：连接

SNP 命名总结
浩然正气
03-21 4670
关于snp位 点的命名其实并不统一，大家在文献中一般用的都是习惯或者说惯用名称。具体表现在以下几种形式： 一、 突变信息之间加上位置信息 主要有三种方式：比如说突变信息之间加上cDNA的 位置，如C188T；突变信息之间加上DNA的位置，如A2546G；突变氨基酸信息之间加上氨基酸位置，如Glu145Lys。 二、 按发现顺序或频率顺序拟定的惯用名称 也有几种形式，如 CYP2D6*10,
plink合并文件并更新SNP位置（merge file, update SNP position）
weixin_33991418的博客
01-16 3453
一、合并文件 plink合并文件需要用到“merge”参数 如果是ped和map格式文件，则用以下命令： plink --file data1 --merge data2.ped data2.map --recode --out merge 　　 如果是二进制文件和ped,map格式文件，则用以下命令： plink --bfile data1 --merge data2...
SAP中的一些FUNCTION应用
yangliang1201的专栏
12-18 1248
 去掉LIFNR前导0   call function CONVERSION_EXIT_ALPHA_OUTPUT    exporting      input  =  G_T_RESULT-LIFNR    importing      output =  G_T_RESULT-LIFNR.单位转换      CALL FUNCTION CONVERSION_EXIT_CU
SNP的rs号和染色体位置信息相互转换
shuai19970911的博客
07-24 3784
【代码】SNP的rs号和染色体位置信息相互转换。
[原]基因组变异检测概述
weixin_30625691的博客
09-29 1102
考虑到cnblog不适合基因组领域这种类型的文章，进过多番折腾，终于用jekyll+github搭了个独立博客www.huangshujia.me，现在博客已经搬迁！ 首先，在开始之前我觉得有必要稍微科普缓冲一下，以便不使得不熟悉生物信息或基因组的客官们疑惑。O(∩_∩)O！ 1.基因组：每个人都有一个基因组，这里的“基因组”并不只是“基因”的集合，基因是控制性状的遗传单元（什么是...
snpeff注释变异（variants）
weixin_33670786的博客
04-27 780
1、进入网站http://snpeff.sourceforge.net/，下载snpeff: wget http://sourceforge.net/projects/snpeff/files/snpEff_latest_core.zip 2、解压、安装 unzip snpEff_latest_core.zip 解压后出现如下图： 3、注释变异： /path...
fcGENE: Genotype format converter:基因型数据的格式转换工具（例如，PLINK-MACH，MACH-PLINK）-开源
04-30
fcGENE可以生成的格式：plink-谱系，plink-raw，plink-dosage，mach输入，minimac输入，归因输入，beagle输入和bimbam输入，HAPLOVIEW输入，EIGENSOFT输入。 进一步的应用：-获得必要的插补命令模板和其他插补工具...
Windows SSH:Windows 的 SSH，基于 Plink-开源
07-01
在尝试了这么多不同的 SSH 模拟器（Putty/Cygwin 等）之后，我发布了一个基于 Simon Tatham 的 plink 的包。 您需要做的就是下载软件包，运行 install.bat 并打开命令提示符。 然后输入您的 SSH 连接语句作为标准。
pandas_plink-2.0.2-cp37-cp37m-win_amd64.whl
03-15
Python库是一组预先编写的代码模块，旨在帮助开发者实现特定的编程任务，无需从零开始编写代码。这些库可以包括各种功能，如数学运算、文件操作、数据分析和网络编程等。Python社区提供了大量的第三方库，如NumPy、...
pandas_plink-2.2.3-cp39-cp39-win_amd64.whl
最新发布
03-16
Python库是一组预先编写的代码模块，旨在帮助开发者实现特定的编程任务，无需从零开始编写代码。这些库可以包括各种功能，如数学运算、文件操作、数据分析和网络编程等。Python社区提供了大量的第三方库，如NumPy、...
Python库 | pandas_plink-2.0.2-cp37-cp37m-manylinux1_x86_64.whl
05-08
资源分类：Python库 所属语言：Python 资源全名：pandas_plink-2.0.2-cp37-cp37m-manylinux1_x86_64.whl 资源来源：官方 安装方法：https://lanzao.blog.csdn.net/article/details/101784059
GWAS - plink提取染色体位置范围内的SNP位点
upyours00的博客
06-04 7840
一、首先学会打开文件 写给像我一样的小白，如果你手头有bim、fam等文件，怎么查看呢？ 双击是不行的！！！！首先打开terminal，cd到文件所在的目录，然后使用vim命令： cd /Users/limingzhu/Downloads/sge_genedata vi xxxxx.bim 其中，文件位路径只需要直接选中文件夹，并且拖到terminal中就可以了！！ 二、plink命令与文件格式：–bfile 、 --file 和 --tfile 使用–bfile 、 --file 和 --tfile
生物基因数据文件——vcf格式详解
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04-24 6万+
转载于：1.什么是vcf文件VCF是用于描述SNP，INDEL和SV结果的文本文件。在GATK软件中得到最好的支持，当然SAMtools得到的结果也是VCF格式，和GATK的CVF格式有点差别。2.VCF的主体结构##fileformat=VCFv4.0 ##FILTER= ##FORMAT= ##FORMAT= ##FORMAT= ##FORMAT= ##FORMAT= ##INFO= ##IN
改bam文件的样本id
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09-22 4270
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plink -ssh
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plink -ssh是一款在Windows系统中运行的命令行工具，用于建立SSH（Secure Shell）连接。它是PuTTY工具集的一部分，可用于在Windows命令提示符或批处理文件中使用SSH协议进行远程连接和管理。使用plink -ssh可以通过命令行进行远程登录、执行命令和传输文件等操作。 要使用plink -ssh，首先需要在Windows系统上安装PuTTY软件。安装完成后，在命令提示符中输入plink -ssh命令，后跟远程主机的IP地址或域名，以及要使用SSH连接的用户名。系统会提示输入密码，输入正确的密码后，就可以与远程主机建立安全的加密连接。 除了基本的登录功能，使用plink -ssh还可以通过命令行执行远程主机上的命令。只需在plink -ssh命令后添加要执行的命令即可，如plink -ssh user@host "ls -l"表示在远程主机上执行ls -l命令。 此外，plink -ssh还支持传输文件，可以在本地和远程主机之间进行文件的上传和下载。通过指定不同的参数和选项，可以实现文件传输的功能。 总之，plink -ssh是一款功能强大的命令行工具，提供了方便的SSH连接和管理方式。无论是远程登录、执行命令还是传输文件，都可以通过plink -ssh在Windows系统下进行操作，为系统管理员和开发人员提供了很大的便利。
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