genefilter包常用函数

genefilter

常用函数

1 findLargest

功能：只留下检验统计量最大的探针，舍弃其他重复探针。

返回值：包含探针名称的list。

findLargest(gN, testStat, data = "hgu133plus2")

参数	注释
gN	包含所有探针名称的list。
testStat	包含检验检测统计量的list，长度和gN一致。
data	芯片标识。

2 genefilter

功能：使用自定义的统计检验方法检验探针是否通过测试。

返回值：一个包含逻辑值的list，长度和探针数目一致。通过测试的返回TRUE，不通过的返回FALSE。

genefilter(expr, flist)

参数	注释
expr	表达矩阵。
flist	包含统计检验方法的list。

3 kOverA

功能:判断探针是否至少在K个样本中超过A。

返回值：逻辑值。通过检验为TRUE，不通过为FALSE。

kOverA(k, A=100, na.rm=TRUE)

参数	注释
A	要超过的值。
K	至少几个样本。
na.rm	是否移除NA值。默认为TRUE。

4 nsFilter

功能：除去低变异或低信号的探针。

返回值：一个包含筛选后的eset和filter.log的list。

|————–|
|eset|过滤后的ExpressiongSet|
|filter.log|每一步过滤掉多少探针的记录|

nsFilter(eset, require.entrez=TRUE,
require.GOBP=FALSE, require.GOCC=FALSE,
require.GOMF=FALSE, require.CytoBand=FALSE,
remove.dupEntrez=TRUE, var.func=IQR,
var.cutoff=0.5, var.filter=TRUE,
filterByQuantile=TRUE, feature.exclude="^AFFX", ...)

参数	注释
require.entrez	若为TRUE，过滤掉没有ENTREZ ID的探针。默认为TRUE。
remove.dupEntrez	若为TRUE，当几个探针对应统同一ENTREZ ID的时候，留下 var.func 值最大的探针，其余过滤。默认为TRUE。
var.func	用于过滤的统计参数。默认为IQR。
var.cutoff	截断值。默认为0.5，即过滤掉50%的基因。