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原创 R语言 | 计算基因表达量 TPM R脚本

因此，为了消除测序数据中的技术偏差，需要使用归一化，而不是直接使用Row reads count，例如RPKM(每千碱基每百万次映射的转录的读数)、FPKM(每百万个片段的每千基的转录的片段)和TPM(每百万条的转录)。FPKM与RPKM密切相关，但用片段(Pair reads) 取代了单端测序(这种命名的原因是历史的，因为最初的读取是单端的，但随着 pair-end 测序的出现，现在谈论片段更有意义，因此也就是FPKM).目前TPM的计算方式更加科学，被研究人员普遍认可。

2022-10-22 17:42:47 3093 1

原创一文解决找不到电脑文件的烦恼

Everything相信大家在累积了几年的科研数据以后，总会因为顺手将文件保存在电脑里，但是回头找的时侯，因为时间过去太久了，而找不到，给本就艰难的科研雪上加霜，十分的烦躁，可能固执起来找一个小时也要找到。这时候 Everting 就派上用场了，他可以根据你的记住的大概关键词进行搜索，并且搜索速度极快，基本输入后实时显示搜索结果。Everyting 是什么"Everything" 是 Windows 上一款搜索引擎，它能够基于文件名快速定文件和文件夹位置。不像 Windows 内置搜索，"Ever

2022-10-10 23:01:49 648

原创博士生导师手把手教你英文论文写作

在中国林科院亚林所读硕士的时侯，导师教授了我们论文的阅读方法和写作方法，并且整理成了文档。现在读起来依然十分受用，十分感谢当时导师的悉心指导，现在分享给大家共同学习。一、论文阅读方法本领域内的10篇中文，10篇英文权威文献，可以由导师或者师兄师姐推荐。通过课题相关的关键词，去谷歌搜索文献。遇到有用的材料方法，先整理收集在一个文件中。精读一篇课题相关的研究论文，掌握文章结构框架。二、论文写作规范和方法过去几个月，我自己撰写、修改其他人写的论文有多篇，发现有太多的问题。当然，我也承认我自己的写作水

2022-10-10 14:51:34 181

原创常用的linux命令

常用的linux命令1. 命令逻辑在liunx中几乎所有命令以及软件运行的逻辑，都是命令或者软件名开头+具体运行参数+文件名命令逻辑（格式）：命令 + 参数 + 文件options parameter filename例子1：tar -zxvf data.tar.gz例子2：bowtie -v 0 -x 参考基因组 -1 reads1 -2 reads2 -S&nbs

2022-10-08 23:29:20 245

原创文献阅读【RNA-seq数据归一化】

最近一直在做lncRNA的分析，其中的lncRNA的差异表达分析中，需要对reads count 进行归一化，之前没有考虑很多，就用的通常的流程：hisat2→stringtie→prepDE.py/featureCount→DESeq2其中的DESeq2 的归一化部分，也是我们通常称的标准化，是我们关注的重点，DESeq2主要原理：通过计算一个归一化因子，并进行变换，进而提高中等表达基因的地位。归一化和标准化总是搞不清，我还特地查了二者的共性和区别：共性：归一化和标准化本质上都是一种线性变换。线性

2022-10-07 21:20:04 1378

原创 R 语言安装DESeq2，dplyr 包遇到报错的彻底解决方案

一、问题今天想使用 R 重新对数据进行差异表达分析，在安装DESeq2的时侯，遇到下面的报错：Error: package or namespace load failed for ‘GenomeInfoDb’ in loadNamespace(j <- i[[1L]], c(lib.loc, .libPaths()), versionCheck = vI[[j]]):不存在叫‘RCurl’这个名字的程辑包library(DESeq2)载入需要的程辑包：GenomicRanges载入需要的程

2022-10-04 22:42:21 5557 4

原创论文分区和影响因子 IF 查询

影响因子（英文：Impact factor，缩写：IF），又译作影响指数或影响系数，指某一期刊的文章在特定年份或时期被引用的频率，是衡量学术期刊影响力的一个重要指标，由美国科学情报研究所创始人尤金·加菲得在1960年代创立。自1975年以来，影响因子由美国科睿唯安公司旗下的《期刊引证报告》（JCR）于每年定期发布。目前对于期刊分区影响最为广泛的有两种：第一种是Web Of Science 制定的分区；

2022-10-04 15:50:41 2612

原创【生信学习第二天】Conda 0 基础入门安装

使用Conda可以非常便利的使用数据科学、大数据处理、组学研究相关的包，Conda还可以帮助我们创建虚拟安装环境，从而方便的用于不同项目的科学研究。大家科研管理自己电脑的文件会非常苦恼，时间久了就忘记文件存在哪里了，今天给大家推荐一个搜索文件的神器《evething》，支持模糊搜索，并且软件体积非常小 1 Mb，为绿色软件。我们进行数据分析的时侯，需要下载很多版本的软件，每个软件各自依赖的环境不同，使得我们这种新手，安装软件到崩溃，conda就是拯救我们的福音，可以傻瓜式的安装软件，就像你安装了。

2022-10-01 09:26:14 167

原创【生信学习第一天】DEseq2 差异表达基因计算

分析来自 RNA-seq 的计数数据的一项基本任务是检测差异表达的基因。计数数据以表格的形式呈现，其中报告了每个样本已分配给每个基因的序列片段的数量。其他检测类型也有类似的数据，包括比较 ChIP-Seq、HiC、shRNA 筛选和质谱分析。一个重要的分析问题是与条件内的变异性相比，条件之间的系统变化的量化和统计推断。DESeq2是DEseq的升级版，但是DEseq2只适用于有生物学重复的试验，而DEseq既可以做有生物学重复也可以做无重复（或部分重复的）试验。

2022-09-30 13:04:05 1281

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