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原创 R语言 | 计算基因表达量 TPM R脚本

因此,为了消除测序数据中的技术偏差,需要使用归一化,而不是直接使用Row reads count,例如RPKM(每千碱基每百万次映射的转录的读数)、FPKM(每百万个片段的每千基的转录的片段)和TPM(每百万条的转录)。FPKM与RPKM密切相关,但用片段(Pair reads) 取代了单端测序(这种命名的原因是历史的,因为最初的读取是单端的,但随着 pair-end 测序的出现,现在谈论片段更有意义,因此也就是FPKM).目前TPM的计算方式更加科学,被研究人员普遍认可。

2022-10-22 17:42:47 2968 1

原创 一文解决找不到电脑文件的烦恼

Everything相信大家在累积了几年的科研数据以后,总会因为顺手将文件保存在电脑里,但是回头找的时侯,因为时间过去太久了,而找不到,给本就艰难的科研雪上加霜,十分的烦躁,可能固执起来找一个小时也要找到。这时候 Everting 就派上用场了,他可以根据你的记住的大概关键词进行搜索,并且搜索速度极快,基本输入后实时显示搜索结果。Everyting 是什么"Everything" 是 Windows 上一款搜索引擎,它能够基于文件名快速定文件和文件夹位置。不像 Windows 内置搜索,"Ever

2022-10-10 23:01:49 626

原创 博士生导师手把手教你 英文论文写作

在中国林科院亚林所读硕士的时侯,导师教授了我们论文的阅读方法和写作方法,并且整理成了文档。现在读起来依然十分受用,十分感谢当时导师的悉心指导,现在分享给大家共同学习。一、论文阅读方法本领域内的10篇中文,10篇英文权威文献,可以由导师或者师兄师姐推荐。通过课题相关的关键词,去谷歌搜索文献。遇到有用的材料方法,先整理收集在一个文件中。精读一篇课题相关的研究论文,掌握文章结构框架。二、论文写作规范和方法过去几个月,我自己撰写、修改其他人写的论文有多篇,发现有太多的问题。当然,我也承认我自己的写作水

2022-10-10 14:51:34 179

原创 常用的linux命令

常用的linux命令1. 命令逻辑在liunx中几乎所有命令以及软件运行的逻辑,都是命令或者软件名开头+具体运行参数+文件名命令逻辑(格式):命令 + 参数 + 文件options parameter filename例子1:tar -zxvf data.tar.gz例子2:bowtie -v 0 -x 参考基因组 -1 reads1 -2 reads2 -S&nbs

2022-10-08 23:29:20 242

原创 文献阅读【RNA-seq数据归一化】

最近一直在做lncRNA的分析,其中的lncRNA的差异表达分析中,需要对reads count 进行归一化,之前没有考虑很多,就用的通常的流程:hisat2→stringtie→prepDE.py/featureCount→DESeq2其中的DESeq2 的归一化部分,也是我们通常称的标准化,是我们关注的重点,DESeq2主要原理:通过计算一个归一化因子,并进行变换,进而提高中等表达基因的地位。归一化和标准化总是搞不清,我还特地查了二者的共性和区别:共性:归一化和标准化本质上都是一种线性变换。线性

2022-10-07 21:20:04 1348

原创 R 语言 安装DESeq2,dplyr 包遇到报错的彻底解决方案

一、问题今天想使用 R 重新对数据进行差异表达分析,在安装DESeq2的时侯,遇到下面的报错:Error: package or namespace load failed for ‘GenomeInfoDb’ in loadNamespace(j <- i[[1L]], c(lib.loc, .libPaths()), versionCheck = vI[[j]]):不存在叫‘RCurl’这个名字的程辑包library(DESeq2)载入需要的程辑包:GenomicRanges载入需要的程

2022-10-04 22:42:21 5525 4

原创 论文分区和影响因子 IF 查询

影响因子(英文:Impact factor,缩写:IF),又译作影响指数或影响系数,指某一期刊的文章在特定年份或时期被引用的频率,是衡量学术期刊影响力的一个重要指标,由美国科学情报研究所创始人尤金·加菲得在1960年代创立。自1975年以来,影响因子由美国科睿唯安公司旗下的《期刊引证报告》(JCR)于每年定期发布。目前对于期刊分区影响最为广泛的有两种:第一种是Web Of Science 制定的分区;

2022-10-04 15:50:41 2537

原创 【生信学习第二天】Conda 0 基础入门安装

使用Conda可以非常便利的使用数据科学、大数据处理、组学研究相关的包,Conda还可以帮助我们创建虚拟安装环境,从而方便的用于不同项目的科学研究。大家科研管理自己电脑的文件会非常苦恼,时间久了就忘记文件存在哪里了,今天给大家推荐一个搜索文件的神器《evething》,支持模糊搜索,并且软件体积非常小 1 Mb,为绿色软件。我们进行数据分析的时侯,需要下载很多版本的软件,每个软件各自依赖的环境不同,使得我们这种新手,安装软件到崩溃,conda就是拯救我们的福音,可以傻瓜式的安装软件,就像你安装了。

2022-10-01 09:26:14 164

原创 【生信学习第一天】DEseq2 差异表达基因计算

分析来自 RNA-seq 的计数数据的一项基本任务是检测差异表达的基因。计数数据以表格的形式呈现,其中报告了每个样本已分配给每个基因的序列片段的数量。其他检测类型也有类似的数据,包括比较 ChIP-Seq、HiC、shRNA 筛选和质谱分析。一个重要的分析问题是与条件内的变异性相比,条件之间的系统变化的量化和统计推断。DESeq2是DEseq的升级版,但是DEseq2只适用于有生物学重复的试验,而DEseq既可以做有生物学重复也可以做无重复(或部分重复的)试验。

2022-09-30 13:04:05 1251

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