Mac 科研常用软件

转自http://bbs.feng.com/read-htm-tid-7698336.html

我的 Mac 是 2012 年的 Pro Retina，现在主要用的是 Mac 系统，Windows 已经不常上了

经常用的软件有以下几个：

1. 科学绘图软件：SciDAVis 和 Plot
目前这两个软件更新频率很快，SciDAVis 已经到 1D8 版了，就是 Mac 上的 Origin；Plot 更新到了 2.0R12 版，使用命令更复杂，但可实现的效果也更多，现在也支持 Mavericks 和 64 位，只是去掉了曲线拟合模块，比较遗憾。有同学可能会问，既然有 iGor Pro、QtiPlot 和其他多种画图软件，为什么还要用 SciDAVis。因为有的期刊可能要求你提供画图软件的版本信息，一旦使用盗版可能会被拒稿；另外，一些商业画图软件公司也会在软件中设置后门，你如果用的是破解版，他们可能会找上门来，或者通知期刊社要求撤销你的稿件。盗版在国内抓得不严，但是在国外非常严格。再者，SciDAVis 这个软件开源免费，而且容易上手，功能强大，使用它何乐而不为。
SciDAVis 下载地址： scidavis.1.D8.pkg   镜像下载地址： http://pan.baidu.com/s/1eQxqEOi
Plot MAC 下载地址：App Store 搜索 Plot 2
对 SciDAVis 的介绍： Mac 科研软件漫谈2：SciDAVis，科学画图软件，Mac 上的 Origin
具备类似功能的商业软件：Igor Pro、QtiPlot、Pro Fit、Prism 等
使用 SciDAVis/Plot 可节省：约 400 元

2. 文献参考软件：Sente
Sente 确实很好用，而且现在有免费版，每个数据库参考文献不大于 100 个。Sente 可以用 DOI，也可以采用 Google Scholar 搜索等来导入文献信息，对中文文献导入支持也很好，也支持 Elsevier、Springer、Wiley 以及 Web of Science 的网页在线导入，但 WOS 的内置搜索功能仍然不能使用。相比 Mendeley，Sente 支持自定义参考文献格式。
更多的介绍请看这里： Mac 科研软件漫谈1：Sente，文献编辑和管理软件
比较下来，Zotero 比 Sente 更好用

3. 文献参考软件：Zotero
再加一个文献管理软件，感觉比 EndNote 和 Sente 更好用，就是 Zotero 的 Mac 桌面版。Zotero 的大名想必大家都不会陌生，介绍可以见这里：
http://www.yangzhiping.com/tech/zotero1.html
这是中文版，经过测试，Zotero 对元数据(Meta Data)的抓取比 Mendeley 要好一些，对网页数据的支持也比 Mendeley 更多。内置 6000 多个期刊或者数据库的参考文献样式，应该基本可以满足大家的需求了
Sente 下载地址： Sente 6 for Mac (zip file)
Zotero 下载地址： https://www.zotero.org/download/
有部分网友反应网址打不开，镜像地址： http://pan.baidu.com/s/1B8HX0
更新视频介绍地址： Mac 科研软件漫谈 3: Zotero，一款比肩 EndNote 的文献参考软件
具备类似功能的商业软件：EndNote、Sente、BookEnds
使用 Zotero 可节省：300 元
Zotero 下载地址： http://pan.baidu.com/s/1sjCFpmP

4. 画图软件：Keynote 和 AutoCAD
用 Keynote 来画示意图，要求精密度高的或者 3D 图形就用 AutoCAD 来画，非常方便。现在 AutoCAD 有 2014 版本，支持 Retina 显示屏，且能够使用 3D 命令来画三维图形；AutoCAD 更新至 2015 版本
Keynote 下载地址：App Store
AutoCAD 下载地址：官网上有，学生和教育工作者可以申请三年试用版。
使用 AutoCAD 教育版可节省：20000 元

5. 计算和编程软件 Fortran
目前使用 FORTRAN MAC： http://bbs.feng.com/read-htm-tid-7820600.html.  总结了一些心得。
具备类似功能的商业软件：Intel Fortran
使用 Gfortran 可节省：400 元

6. Matlab 的替代品：Octave
命令形式和 Matlab 完全兼容，Matlab 的 .m 文件可以在 Octave 运行，而且运算速度比 Matlab 快。下载地址：
http://sourceforge.net/projects/ ... 8.2-for-OSX-10.9.5/
对中文的支持比 Matlab 更好
具备类似功能的商业软件：Matlab
使用 Octave 可节省：3000 元

7. Mathematica 的替代品：wxMaxima
要 Maxima 才能运行。wxMaxima 是 Maxima 的 GUI，可以做符号运算的。感谢作者 andrejv 上传支持 retina 的版本，下载地址：
http://andrejv.github.io/wxmaxima/download.html
具备类似功能的商业软件：Mathematica
使用 wxMaxima 可节省：3000 元


2014.02.20 更新： 现在 SciDAVIS 已经更新了，最新版本为 1.D5，初步测试，在 Mac 下解决了加载大量数据反映缓慢、打开文件窗口中文显示倾斜的问题。下载地址：

http://sourceforge.net/projects/ ... s.1.D5.pkg/download

对于在 Windows 上经常用 Origin 的同学来说，这个 SciDAVIS 实在是太熟悉了，因为它基本就是 Origin 的翻版。

解决在 Excel 中拷贝数据到 SciDAVIS 中，行列改变问题：用 Numbers 打开 Excel 文件，拷贝数据后再粘贴到 SciDAVIS 中。如果是 TXT 文件，则使用 LineBreak。下载地址： https://code.google.com/p/linebreak/.  下载后，把 Mac 下 TXT 文件的换行模式转换为 UNIX 或者 DOS 的换行模式，就可以了。

2014.03.24 更新： Plot Mac 现在出了 2.0 版，下载地址： http://plot.micw.eu/.  国内似乎访问不了，要用 ***。新版 Plot 支持 Mavericks 和原生 64 位，运行速度更快，使用命令基本保持不变，唯一遗憾的是去掉了曲线拟合模块。

2014.07.05 更新： 在 SciDAVis 中如何设置具有出版物质量的图像输出——
1. 在 SciDAVis 中画好图像后，选择 File 然后 Export Graph 选择 SVG 格式；
2. 在 Safari 中打开 SVG 格式的图片，然后在文件中选择导出为 PDF...，或者选择打印...→PDF→存储为 PDF；
3. 这个时候导出的 PDF 再用预览打开，裁剪边框，大功告成！
采用这种方法是导出质量最佳的图片，因为导出的是矢量图形，所以放大多少倍仍然非常清晰，适合出版物用。

2014.07.28 更新： SciDAVis 更新至 1D8 版，下载地址：
scidavis.1.D8.pkg
目前图片输出的问题暂时没有得到解决，用我上面推荐的方法可以得到矢量图片，具备出版物质量。和 SciDAVis 的开发者沟通后，他们同意在近期解决这个问题。

2014.10.25 更新： AutoCAD 更新至 2015 版，在美国官网上可以找到下载地址，学生和教育工作者可以得到三年免费试用；
更新 Matlab 的自由开源替代品：Octave，现已经更新到 3.8.2，具备了 GUI，运算速度比 Matlab 快，而且命令与 Matlab 完全兼容；
更新 Mathematica 的自由开源替代品：wxMaxima，就是做符号运算的(Octave 也有一个符号运算的工具包：Octsympy，需要 Sympy 运行，类似于 Matlab 上的 Symbolic Toolbox，目前版本为 Octsympy-0.1.1)。如果我早点找到这个软件，大学学微积分的时候就可以用这个来验算结果是否正确了。



2015.02.15 更新： 更新 SciDAVis 和 Sente 的视频简介，另外增加文献管理软件 Zotero 的介绍
2015.02.17 更新： 如果觉得 Word Mac 里面的图片在 Retina 显示屏上不清晰，请保存为 Doc 而非 Docx 格式，这样就很清楚了
2015.03.16 更新： 更新 Zotero 的镜像下载地址， http://pan.baidu.com/s/1B8HX0 ，另外 Octave 的符号运算箱可通过输入命令：pkg install symbolic 得到
2015.05.22 更新： Zotero 的官网现在可以登录了，Zotero 实在太好用了，居然还支持 CNKI 和万方等国内数据库，参考文献样式也包括中文参考文献标准样式，做科研的同学不可不用！地址：https://www.zotero.org   注意：安装 Zotero Mac 独立版本后，还要安装 Safari 的扩展软件，即可网页抓取元数据；或者用 Zotero 的做的 bookmark 标签也可以。Zotero 目前只支持 Word 2011，2016 预览版目前暂时还不支持

2015.05.25 更新  Zotero Mac 桌面版的使用视频 地址：http://bbs.feng.com/forum.php?mo ... page=1#pid146396300    SciDAVis 镜像下载地址：http://pan.baidu.com/s/1eQxqEOi

2015.07.07 更新  wxMaxima 更新至 15.0.4 版本，支持 Retina。这个 wxMaxima 是做符号运算的，是 Mathematica 的替代品。下载地址：http://andrejv.github.io/wxmaxima/download.html

2015.07.15 更新  Zotero Mac 单独版更新至 4.0.27.6 版本，已经支持 Office 2016，能够在 Word 2016 内的 Ribbon 内加载项。Zotero 下载地址： https://www.zotero.org 。另外，如果要编辑参考文献格式，可以登录这个网站：http://editor.citationstyles.org/about/，寻找相近的参考文献格式后，即可进行自定义编辑。

2015.08.01 更新  不用 MathType，可以达到插入公式自动居中、公式右边自动编号的效果，并且支持交叉引用，不需要插入书签了。地址请看：
http://bbs.feng.com/read-htm-tid-9698249.html
具备类似功能的商业软件：MathType
使用此方法可节省：300 元



自动图文集要保存到 Normal.dotm 模板里面，才能够实现输入前四个字符得到自动图文的效果，另外也可设置快捷键。


如果好用请加分！

2015.10.3 更新  以上推荐的软件比商业软件要更胜一筹，而且在给您提供同样生产力的同时，可为您节省至少 30000 元的投入。


2015.11.18 更新  更新 Zotero 的镜像下载地址： http://pan.baidu.com/s/1sjCFpmP
2015.11.23 更新  教你们如何把题录从 EndNote 批量导出到 Zotero：全选 EndNote 的题录，导出为 RIS 格式，然后再用 Zotero 导入就可以了。注意 Zotero 是支持 Word 2016 的