ubuntu18机器学习环境安装基于anaconda

环境搞坏了，conda无法识别了

删除：rm -rf anaconda3

rm -rf .conda

修改.bashrc

 

20181210,第二次，

1,安装anaconda4.2

source activate root

执行：

pip -V

sudo pip -V

=>sudo pip 和pip指向不同

find . -name pip

=>真实可用的pip命令有2个

 

2，创建新环境，升级新环境pip，核对新旧环境pip不同

conda create -n py35 python=3.5

source activate py35 && pip install --upgrade pip && pip -V（在升级pip之前应当conda install pip 为独立环境py35安装独立pip，但这里没执行也好了，之前是不行的，pip是同一个，会和root同步升级）

和source activate root & pip -V结果已经不同了，说明pip环境的确独立了

(source activate root && pip -V)

 

 

3,安装公共组件

pip install xgboost && pip list|grep xgboost,有

source activate root && pip list|grep xgboost，无

说明环境独立ok

配置alias：alias pip_py35='sudo  /home/john/anaconda3/envs/py35/bin/pip'。source ~/.bashrc

 

pip_py35 install minepy

pip_py35 install tpot （source activate root && pip list|grep TPOT,无。source activate py35 && pip list|grep TPOT,有.pip_py35|grep TPOT,有 ）

pip_py35 install auto_ml （source activate root && pip list|grep auto-ml,无。source activate py35 && pip list|grep auto-ml,有.pip_py35|grep auto-ml,有 ）

以上命令，在系统sh中，激活root的sh中都可以执行，并且都可以正确安装,

 

4,环境mlbox（clone py35)

conda create -n mlbox --clone py35 &&  conda env list && source activate mlbox

检查： pip -V，9.0，不正常，应当继承py35的版本18，暂不理会

pip list|grep TPOT，有，正常

pip list|grep auto-ml，有，正常

pip install --upgrade pip && pip -V，提示已经up to date了。暂不理会

 

pip install mlbox提示xgboost不满足版本条件

改采用之前的代码方式安装

cd ~/PYTHON/MLBox/python-package/ && python setup.py install

报错：

['matplotlib>=2.0.2', 'hyperopt>=0.1', 'Keras>=2.0.4', 'joblib>=0.11', 'Theano>=0.9.0', 'networkx>=1.11']

Please install them manually

 

error: Aborting

解决：pip install matplotlib hyperopt Keras joblib Theano networkx，执行ok

在执行：cd ~/PYTHON/MLBox/python-package/ && python setup.py install。执行ok

检查： pip list|grep mlbox，有。

添加alias别名

alias pip_mlbox='sudo /home/john/anaconda3/envs/mlbox/bin/pip'。source ～/.bashrc

验证别名：pip_mlbox list|grep mlbox,有，正常。

 

 

5，环境autosklearn(clone mlbox)

conda create -n autosklearn --clone mlbox && conda env list && source activate autosklearn &&pip -V,版本为9.0，mlbox也是9.0，暂认为正确

pip install --upgrade pip && pip -V，提示已经up to date了。暂不理会

参考git安装指导:https://github.com/automl/auto-sklearn/blob/master/doc/installation.rst

curl https://raw.githubusercontent.com/automl/auto-sklearn/master/requirements.txt | xargs -n 1 -L 1 pip install

安装报错pyrfr。

参考：Can't install auto-sklearn due to pyrfr dependency #101，https://github.com/automl/auto-sklearn/issues/101

    {

        conda install swig --yes

        pip install  pyrfr # probably don't need this b/c it reinstalls in auto-sklearn

        pip install auto-sklearn

    }

pip install auto-sklearn。ok

 

7,qtia

pip_autosklearn install seaborn

pip_autosklearn install mlxtend

 

 

 

参考：

MAC中Python如何通过pip将packages安装到Conda环境中：https://www.jianshu.com/p/7e4c29a26f29