blastn

  三者之间的共同之处就是 BlastN/Megablast/Discontiguous megablast 都是BlastN，就是核酸序列比对核酸序列的算法。

简单而言

        BlastN : 不那么灵敏，相似度较低的序列也可以查找到，所以比对的速度慢，但允许更短序列的比对（如短到7个碱基的序列）。

        MEGABLAST : 采用贪婪式算法，速度较一般blast快，通常用于从数据库中查找非常相似的序列， 运行速度快，灵敏度高。同一物种间的。

        Discontiguous MEGABLAST : 灵敏度更高，用于更精确的比对。主要用于跨物种之间的同源比对。

详细解释

1. MEGABLAST 常被用于鉴定核酸序列

        MEGABLAST is the tool of choice to identify a nucleotide sequence.

        MegaBLAST也是一种BLASTN程序，不过它主要是用来在非常相似的序列之间（来自同一物种）比对同源性的。

         鉴定某一段核酸序列是否存在于数据库，最好的方法是选择MEGABLAST。如果比对到的序列在数据库中注释完整的话，那该序列丰富的注释可以当作 新序列的参考。当然，BlastN/MEGABLAST/Discontiguous MEGABLAST，都可以完成这种事情。但MEGABLAST就是特别设计用于非常相似序列之间的比对，可用于寻找查询序列的最佳匹配的序列。

2. Discontiguous MEGABLAST 更好地用于查找不同物种的相似的核酸序列，而不是与查询序列相同物种的。

        Discontiguous MEGABLAST is better at finding nucleotide sequences similar, but not identical, to your nucleotide query.

        Discontiguous MEGABLAST，用于跨物种核酸序列快速比对。它使用非重叠群字段匹配算法（noncontiguous word match）来进行核酸比对。Discontiguous MegaBLAST比blastx等翻译后比对要快得多，同时它在比较编码区时也具有相当高的敏感度。

                 Discontiguous MEGABLAST详细介绍： www.ncbi.nlm.nih.gov/blast/discontiguous.html

BLAST页面使用

        从blastn页面上的简单帮助可以看到Highly similar sequences (megablast)多用于比较相似性比较高（相似性在95%以上）的序列，速度快；More dissimilar sequences (discontiguous megablast)用于相似性稍低于megablast的比对，但是灵敏度和精确度更高，多用于不同物种间的同源比对；而Somewhat similar sequences (blastn)用于比对相似性较差的序列，可以比对最短7个碱基的长度，所以比对精确度最高，比对结果最多，速度最慢。