linux环境下blastn命令怎么用,blast 用法汇总

blast 安装：

先在网上找到最新版的blast下载到本地；

this is the download padge: ftp://ftp.ncbi.nih.gov/blast/executables/LATEST/

这里下载的是最近版本：ncbi-blast-2.2.29+-x64-linux.tar.gz

linux下可以通过ftp anonymous 登录，get下载

用filezilla 导入到Linux系统中，找一个目录放下；

先解压：tar zxvf ncbi-blast-2.2.29+-x64-linux.tar.gz

解压后的文件夹ncbi-blast-2.2.29+/bin里面即是可执行的BLAST+程序了

在.barshrc 文件中设置好环境变量即可：

由于2.2.29与之前版本2.2.23有所不同，下面介绍一下2.8.1用法：

blastall

第一步 建库：

/opt/blc/genome/biosoft/blast-2.2.23/bin/formatdb -i ortholog.fa -p T

注：这里用的是安装的绝对路径，

T 表示蛋白库，F表示核酸库；

第二步 运行blastall

eg:

/opt/blc/genome/biosoft/blast-2.2.23/bin/blastall -i query.fasta -d db.seq -o blast.out -p blastn -F F -e 1e-5 -m 8

1．-e参数

-e(value)参数是用来过滤比对较差的结果的，用"-e"参数指定一个实数，blast 会过滤掉期望值大于这个数的比对结果。这样不但简化了结果，还缩短了运行时间和结果占用的空间。

2. -p参数

-p blastp：蛋白序列与蛋白库做比对。

-p blastx：核酸序列对蛋白库的比对。

-p blastn：核酸序列对核酸库的比对。

-p tblastn：蛋白序列对核酸库的比对。

-F 参数

-F(T/F)参数是用来屏蔽简单重复和低复杂度序列的。如果选“T”，程序在比对过程中会屏蔽query中的简单重复和低复杂度序列；选"F"则不会屏蔽。缺省值为"T"。

4. -m

m8格式如下图：

image.png

举个实例：

image.png

blastn 用法介绍：

第一步：blastn 建index：

makeblastdb -parse_seqids -dbtype nucl -in xxxx.fa

makeblastdb -in /XXX/database/refdata-cellranger-GRCh38-1.2.0/fasta/genome.fa -dbtype nucl -out /database/refdata-cellranger-GRCh38-1.2.0/fasta/genome -parse_seqids

第二步：blastn比对：

常用比对参数：

blastn -db /cygene/database/IMGT_V-QUEST_reference_directory/Homo_sapiens/TR/human_TR_V -query TRAV10.utr.fq2fa.fa -out TRAV10.utr.fq2fa.fa.blastn.out -outfmt 7 -num_threads 20

关于输出格式的参数：

-outfmt

alignment view options:

0 = Pairwise,

1 = Query-anchored showing identities,

2 = Query-anchored no identities,

3 = Flat query-anchored showing identities,

4 = Flat query-anchored no identities,

5 = BLAST XML,

6 = Tabular,

7 = Tabular with comment lines,

8 = Seqalign (Text ASN.1),

9 = Seqalign (Binary ASN.1),

10 = Comma-separated values,

11 = BLAST archive (ASN.1),

12 = Seqalign (JSON),

13 = Multiple-file BLAST JSON,

14 = Multiple-file BLAST XML2,

15 = Single-file BLAST JSON,

16 = Single-file BLAST XML2,

17 = Sequence Alignment/Map (SAM),

18 = Organism Report

关于输出格式，共有19种，我个人常用的是7。

示例如下：会输出每条read的比对信息，如果没有比对上，则 0 hits found

image.png

一般情况下我会设置每条read只输出一种perfect match 的比对结果。在这种条件下统计比对率时就非常简单：需要统计总共有多少条reads，和比对上了多少条reads，然后计算比对率。

le RP1G10E1L2_R1.p2.blastn.out|grep -v "#"|wc 这里统计的是比对上的reads数。

6941468 83297616 628607598

80% pct mapping rate.

le xxx.fa |grep ">" |wc # 这里统计原始fa的总reads数。

比对率就是两数相除的结果。

事实证明这样的方法是错误的！！！

不能用这样的方式计算比对率，因为还有一种情况是一条read比对到了reference 的两个部位。后文给出例子。

线程参数：

-num_threads 20 线程数，根据自身情况设定。

-max_hsps 1 表示只输出一条比对结果，但是有时会输出三条？不懂为什么？

blastn -db /cygene/database/refdata-cellranger-GRCh38-1.2.0/fasta/genome.fa -query $line -out $name.blastn.out -outfmt 7 -num_threads 20 -max_hsps 1

-max_target_seqs 1 只输出一条比对结果，这个参数试了下是没有问题的，只输出一条。(常用)

blastn -db /cygene/database/utr_500bp_index/TRAV.fa -query RP1G10E1L2_R1.p2.fa -out RP1G10E1L2_R1.p2.blastn.out -outfmt 7 -num_threads 20 -max_target_seqs 1

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一些经验：

blastn结果中有一种情况是下图这样的，query序列 比对的起始到终止的长度 和 subject序列 比对的起始和终止长度不一致。

image.png

query 比对的长度为76-1=75bp

subject比对的长度为625-551=74bp，那么为什么会造成这样呢？

我将query的序列和subject序列拿出来看了一下。发现query的序列在某个位置上有1bp的插入造成没有对齐。mismatch数量如果不算插入的1bp，那么刚好等于其结果显示的4.

image.png

这个时候如果你需要找到mismatch发生在reference上的位置的时候，那么就不好找了。

blastn对序列reverse的处理：

如果你的序列是reverse的。那么比对一下看看。待补充。

关于设置了-max_target_seqs 1的问题

即使设置了该参数，但是如果数据本身有下面现象也会被输出：

image.png

这种情况就是下图这样的：

image.png

这种情况也会输出两条比对信息。这时统计比对率时就不能单纯用统计行数来表示。