R语言中的高级绘图

1、散点图

attach(mtcars)                                                     
plot(wt, mpg, 
     main="Basic Scatterplot of MPG vs. Weight",       
     xlab="Car Weight (lbs/1000)", 
     ylab="Miles Per Gallon ", pch=19)
abline(lm(mpg ~ wt), col="red", lwd=2, lty=1)            
lines(lowess(wt, mpg), col="blue", lwd=2, lty=2)   

abline()函数用来添加最佳拟合的线性直线，

lowess()函数则用来添加一条平滑曲线。该平滑曲线拟合是一种基于局部加权多项式回归的非参数方法

library(car) 
scatterplot(mpg ~ wt | cyl, data=mtcars, lwd=2,
    main="Scatter Plot of MPG vs. Weight by # Cylinders", 
    xlab="Weight of Car (lbs/1000)", 
    ylab="Miles Per Gallon", id.method="identify",
    legend.plot=TRUE, labels=row.names(mtcars), 
    boxplots="xy")

2、散点图矩阵

（1）library(car)
scatterplotMatrix(~ mpg + disp + drat + wt, data=mtcars, spread=FALSE,
    lty.smooth=2, main="Scatterplot Matrix via car package")

scatterplotMatrix(~ mpg + disp + drat + wt | cyl, data=mtcars, spread=FALSE,
    main="Scatterplot Matrix via car package", diagonal="histogram")

以不同的气缸进行分组

cor(mtcars[c("mpg", "wt", "disp", "drat")])
            mpg         wt       disp       drat
mpg   1.0000000 -0.8676594 -0.8475514  0.6811719
wt   -0.8676594  1.0000000  0.8879799 -0.7124406
disp -0.8475514  0.8879799  1.0000000 -0.7102139
drat  0.6811719 -0.7124406 -0.7102139  1.0000000

使用gclus包绘制散点图矩阵

library(gclus)                                                   
mydata <- mtcars[c(1,3,5,6)]                               
mydata.corr <- abs(cor(mydata))                                                                           
mycolors <- dmat.color(mydata.corr)                              
myorder <- order.single(mydata.corr)                             
cpairs(mydata,                                                   
    myorder, 
    panel.colors=mycolors, 
    gap=.5,
    main="Variables Ordered and Colored by Correlation"
)

3、高密度散点图
当数据点重叠很严重时，用散点图来观察变量关系就显得“力不从心”了。下面是一个人为设计的例子，其中10 000个观测点分布在两个重叠的数据群中：

创建10000个观测数据

set.seed(1234)
n <- 10000
c1 <- matrix(rnorm(n, mean=0, sd=.5), ncol=2)
c2 <- matrix(rnorm(n, mean=3, sd=2), ncol=2)
mydata <- rbind(c1, c2)
mydata <- as.data.frame(mydata)
names(mydata) <- c("x", "y")

（1）
with(mydata,
    plot(x, y, pch=19, main="Scatter Plot with 10000 Observations"))

2、with(mydata,
    smoothScatter(x, y, main="Scatterplot colored by Smoothed Densities"))

3、

library(hexbin)
with(mydata, {
    bin <- hexbin(x, y, xbins=50)
    plot(bin, main="Hexagonal Binning with 10,000 Observations")
    })

4、三维散点图

library(scatterplot3d)
attach(mtcars)
scatterplot3d(wt, disp, mpg, 
     main="Basic 3D Scatterplot")

s3d <-scatterplot3d(wt, disp, mpg, 
+     pch=16, 
+     highlight.3d=TRUE,
+     type="h", 
+     main="3D Scatter Plot with Verical Lines and Regression Plane")
> fit <- lm(mpg ~ wt+disp) 
> s3d$plane3d(fit)
> detach(mtcars)

这个三维图可以旋转

library(rgl)
attach(mtcars)
plot3d(wt, disp, mpg, col="red", size=5)

4、气泡图

我们通过三维散点图来展示三个定量变量间的关系。现在介绍另外一种思路：先创建一个二维散点图，然后用点的大小来代表第三个变量的值。这便是气泡图（bubble plot）

attach(mtcars)
r <- sqrt(disp/pi)
symbols(wt, mpg, r, inches=0.30, fg="white", bg="lightblue",
main="Bubble Plot with point size proportional to displacement",
ylab="Miles Per Gallon",
xlab="Weight of Car (lbs/1000)")
text(wt, mpg, rownames(mtcars), cex=0.6)
detach(mtcars)
par(opar)

5、折线图

par(mfrow=c(1,2))
t1 <- subset(Orange, Tree==1)
plot(t1$age, t1$circumference,
    xlab="Age (days)", 
    ylab="Circumference (mm)", 
    main="Orange Tree 1 Growth")
plot(t1$age, t1$circumference,
    xlab="Age (days)",
    ylab="Circumference (mm)",
    main="Orange Tree 1 Growth", 
    type="b")
par(opar)

Orange$Tree <- as.numeric(Orange$Tree)      
ntrees <- max(Orange$Tree)


xrange <- range(Orange$age)                 
yrange <- range(Orange$circumference)        


plot(xrange, yrange,                        
    type="n",                               
    xlab="Age (days)",                      
    ylab="Circumference (mm)"               
 )                                          


colors <- rainbow(ntrees)                   
linetype <- c(1:ntrees)                     
plotchar <- seq(18, 18+ntrees, 1)           


for (i in 1:ntrees) {                       
    tree <- subset(Orange, Tree==i)          
    lines(tree$age, tree$circumference,      
        type="b",                           
        lwd=2,                              
        lty=linetype[i],                     
        col=colors[i],                      
        pch=plotchar[i]                     
    )                                       
}                                            


title("Tree Growth", "example of line plot")


legend(xrange[1], yrange[2],                
    1:ntrees,                                
    cex=0.8,                                
    col=colors,                             
    pch=plotchar,                           
    lty=linetype,                           
    title="Tree"                            
    )