如何对SNP设计引物: CAPS, dCAPS

最近一直在帮师姐根据SNP找基因组上的酶切多态位点，然后给她提供该位点附近1kb的序列，让她去设计引物。由于我本科就做过一点点的遗传定位，当时用的是SSCP(单分子构象多态性)去区分单个碱基差异，所以我对SNP分子比较的检测方法就局限在高通量测序和SSCP而已。然后今天猛然听师兄说他要用dCAPS来根据SNP位点对群体进行基因型鉴定，我才开始去找相关的概念，去找/造轮子用。

CAPS: Cleaved Amplified Polymorphic Sequences

DNA序列上几个碱基的差异会影响限制性内切酶的有无。最开始用RFLP来鉴定这种酶切多态性位点，但是需要设计放射性的探针，有点风险。后来有了PCR技术，就可以设计目标位置附近的引物进行扩增，然后使用特定的限制性内切酶进行酶切，之后通过电泳跑胶根据条带的长度来判断基因型。

来源NCBI

dCAPS: Derived Cleaved Amplified Polymorphic Sequences

dCAPS听名字就知道和CAPS有很大的关系, 它使用存在几个碱基错配的PCR引物对目标区间进行扩增，从而引入酶切位点或者破坏酶切位点，之后根据条带长度来鉴定基因型。

dCAPS示例: 图片来源于NCBI

TO DO:基于VCF文件的SNP开发分子标记

参考资料

• Cleaved Amplified Polymorphic Sequences (CAPS)
• Derived Cleaved Amplified Polymorphic Sequences (dCAPS)