kasp技术原理_基因型鉴定的多种方法

整理归纳一下我所知道的基因型鉴定方法，欢迎补充！(封面图片来自网络，侵删，位置：华中农园林院正门入口附近)

随着基因工程技术——CRISPR Case9的推广，特定突变体的获得相比从前容易了很多，但位点上的突变依然是随机的，如何从多个转化事件中高效、经济、准确筛选出目的基因型依然是一个困难，这里我分享目前所知的鉴定方法供大家参考。

1.二代测序 + IGV观察/call SNP软件分析

原理：设计多种标签序列(F向和R向)组合，使不同的组合对应不同的样本，根据测序输出的reads上的标签序列对测序结果中的样本进行区分，一次测序获得多个样本数据，且测序数据量不用太高，1-2G即可，最后根据测序结果与参考序列匹配情况和reads比例判断突变类型和纯合杂合情况；

优点：通量高，单个样本成本低，能够分辨单个位点存在的多种突变类型；

缺点：结果反馈速度慢，一般需要两周左右才能拿到结果，不适合小样本量的检测。二代测序结果比对后IGV观察，可以看到有位点一半的测序输出reads有3个碱基的缺少，是一个杂合突变。

2.一代测序 + DSDecodeM分析测序文件

原理：软件根据测序的信号峰双峰嵌套位置和强弱判断突变类型；

优点：速度快，一代测序结果一般第二天能得到，软件分析迅速；

缺点：单个样本成本高，不适合大样本量检测，位点存在两种以上的突变类型时