基于Smiles2vec预测化合物物理性质

本文介绍了Smiles2vec技术,这是一种将化学中的Smiles字符串转化为向量的方法,常用于预测物质的物理属性。Smiles2vec基于NLP的Seq2Seq模型,结合LSTM或GRU层,其结构可以根据化合物结构和物理性质调整。文章还提到了相关的数据处理和模型定义步骤。
摘要由CSDN通过智能技术生成

Smiles2vec

简而言之,它是自然语言处理(NLP)领域的一项技术,可将字符串转换为矢量。 许多人用smiles字符串预测物理属性。

 

Smiles2vec的结构

将字符串转换为矢量是NLP领域的一项技术名为Seq2Seq。 在没有学习的情况下简单地解释它,它经常被用在“机器对话和机器翻译等模型”中。 该技术基于递归神经网络的思想使用诸如LSTM和GRU的层。 下图显示了原始论文中Smiles2vec的结构。 在本文中隐藏层的根据化合物结构和物理性质而改变。


导入库

from __future__ import print_function
import keras
from sklearn.utils import shuffle
from keras.models import Sequential, Model
from keras.la
作者介绍 Toby,持牌照金融公司担任模型验证专家,国内最大医药数据中心数据挖掘部门负责人!和重庆儿科医院,中科院教授,赛柏蓝保持慢病数据挖掘项目合作!管理过欧美日中印巴西等国外药典数据库,马丁代尔数据库,FDA溶解度数据库,临床试验数据库,WHO药物预警等数据库。课程概述 此课程讲述如何运用python的sklearn快速建立机器学习模型。课程结合美国威斯康辛乳腺癌细胞临床数据,实操演练,建立癌细胞预测分类器。课程讲述十大经典机器学习算法:逻辑回归,支持向量,KNN,神经网络,随机森林,xgboost,lightGBM,catboost。这些算法模型可以应用于各个领域数据。本视频系列通俗易懂,课程针对学生和科研机构,python爱好者。本视频教程系列有完整python代码,观众看后可以下载实际操作。了解癌症肿瘤基本常识,建立健康生活方式,预防癌症,减轻癌症治疗成本。课程背景 警钟长鸣!癌症离我们远吗?《我不是药神》催人泪下,笔者在此揭露真相,癌症不是小概率疾病,癌症就在身边。癌症早期发现和控制可极大延长寿命和减少治疗费用。笔者下载美国威斯康辛临床数据,运用python sklearn建立乳腺癌分类器模型,可预测正常细胞和癌细胞。我国医院重视治疗,但忽略疾病预防教育。通过我多年机器学习数据挖掘,我发现疾病可防可控,通过自身努力,我们可以提前发现疾病早期症状或扼杀疾病于摇篮。希望此课程让广大医疗科研工作者认识疾病预防教育重要性。  
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