博主在接触高性能计算后，通过学校的小型集群进行实践，学习使用paramon监控pbs脚本在多CPU节点上运行NAMD，体验到实时监控的便利。通过源码级、编译时和运行时优化，逐步掌握并行计算，尽管在多节点运行NAMD时遇到问题，但通过源码编译最终实现高效运行。总结了在优化过程中遇到的核心问题及其解决时间。
考完试后，开始接触一些高性能计算方面的东西，学校也给分配了一个小集群（8计算结点，4cpu/结点，centOS6.0）帐号提供实验环境。
27号开始玩超级计算机到今天刚好是第五天，收获颇丰。特别是28号安装配置好paramon后，成功的调好了pbs脚本在单结点4cpu上运行NAMD。
用paramon监测到了自己提交的作业运行情况，如下图所示。
其中5号结点显示的就是自己提交的任务的运行情况，浅绿色部分表示的是cpu可用计算，亮绿色部分则表示实际cpu计算情况，两者之比即为cpu效率。cpu效率越高越好，可以看出自己的compute-0-5是效率最高的。
第一次使用paramon实时监控，看到自己程序运行的效率最高，太尼马开心了。瞬间有种超级计算机太好玩了，~^_^~，有没有！……之前都还只能在命令行下查看提交作业情况，还TM不知道运行效率，做什么优化显然都只是一头雾水啊。现在可以不仅能观测到自己程序运行情况还能看到其他人，还能进行比较。不得不说，paramon这个软件实在是太好用了，有种相见恨晚的赶脚。
大型应用的优化主要有以下几个方面：
- 源码级优化（大量修改代码甚至改算法）
- 编译
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