python R 热度图聚类demo

最新推荐文章于 2024-07-17 15:10:07 发布

夜月xl

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分类专栏： R Python 文章标签： python r 热图聚类 heatmap.2 breaks

本文链接：https://blog.csdn.net/u013045749/article/details/50318837

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本文介绍如何在Python中利用R进行热图聚类分析，并着重讲解如何通过heatmap.2函数的col和breaks参数控制热图的颜色显示。

摘要由CSDN通过智能技术生成

今天调试程序，在Python中使用R进行热图聚类分析，要求对热图的显示颜色进行控制。

可以利用heatmap.2中的col参数和breaks参数实现这一功能

r['library']('pheatmap')
r['library']('gplots')
#r['library']('Cairo')
imgpath = r'/static/temp_img/drug_recipe_cluster.pdf'
image_path = abspath + imgpath
# 将生成的矢量图以PDF的形式保存在image_path路径下
r['pdf'](image_path, height = height_length, width = width_length, family='GB1')
#r['CairoPDF'](image_path, height = height_length, width = width_length, family='Simsun')
# rcolor = r['greenred'](75)
# robjects.r( "r_hclust <- function(x) {hclust(x,method = '" + args['methods'] +  "')} ")
# rhclust = r['r_hclust']
# rcolor参数实现对颜色的控制
rcolor = r['colorRampPalette'](["green", "black", "red"])
# 此处rbreaks控制[-100,-0.01]显示‘green’