邻居列表方法（Neighbor List Method）及其在分子动力学模拟中的应用

邻居列表方法（Neighbor List Method）是一种在分子动力学模拟中提高计算效率的重要技术，用于减少粒子之间相互作用的计算次数。此方法通过构建一个动态更新的邻居列表，限制计算仅在相互作用范围内的邻居之间进行，从而减少不必要的计算。

一、邻居列表方法的基本概念

在分子动力学模拟中，每个粒子与其他粒子之间的相互作用需要根据相对距离计算。然而，计算所有粒子对之间的相互作用耗费大量时间，尤其当粒子数  较大时，总的计算量为。为了减少这种复杂度，可以设定一个截断距离（cutoff distance），并假设超出该距离的粒子间相互作用可以忽略不计。

通过限制作用力的计算范围，仅计算邻居列表中的粒子对。这样在大多数时间步中可以避免不必要的计算，将复杂度从 降低到近似 。