FPGA加速技术在生物信息学中的应用

作者：禅与计算机程序设计艺术

随着近年来生物信息学领域的发展，人们越来越关注复杂系统的模式构建、网络分析、数据挖掘等问题。由于生物信息学领域涉及的数据规模、计算量、分布式、实时性要求高，传统CPU计算资源难以满足需求，同时还有对成本的限制。因此，采用了基于FPGA的加速技术进行加速处理。
FPGA（Field Programmable Gate Array）是一种可编程逻辑门阵列，它具有高可编程性、低功耗、集成度高、可靠性好等优点。目前，FPGA已经成为数十亿美元的市场主流设备，并且以其低成本、高性能和灵活性而广受欢迎。
FPGA已经被证明可以提升各种不同类型计算机处理任务的速度。如图1展示了一个FPGA加速生物信息学应用流程。

其中，绿色模块是FPGA加速器，主要负责运行基于核酸序列的多线程并行处理算法；黄色模块是硬件加速仪表，能够将生物信息学任务的运行时间、内存占用率等指标测量出来，并且通过可视化的方式呈现出来；蓝色虚线框内是生物信息学算法流程，包含了读取核酸序列、预处理、建模、搜索、过滤等步骤，都是由FPGA进行运算加速的；橙色圆圈框内是数据存储模块，用来保存输出结果，比如搜索结果或者异常点检测结果等；紫色箭头指向的是数据库接口，用户可以将数据导入到数据库中，提供后续分析、建模服务；最后，底部的温度监控模块则能够帮助用户了解FPGA是否正常工作。</