DeepLabCut使用篇(一):操作简述

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DeepLabCut使用篇(一):操作简述

0x00 正式动手之前

  1. 激活deeplabcut的环境
  2. 进入anaconda工具中心
  3. 安装 Jupyter Notebook

0x01 开始训练

然后跟着我走!

export BROWSER=google-chrome
# 然后运行jupyter notebook
jupyter notebook

训练之前:

训练过程:

训练之后

多了测试集和训练集

0x02 如何使用

ipython
1. 导入工具包
import deeplabcut
2. 导入训练配置文件*.yaml
# Loading example data set 
import os
# Note that parameters of this project can be seen at: *Reaching-Mackenzie-2018-08-30/config.yaml*
from pathlib import Path
path_config_file = os.path.join(os.getcwd(),'DeepLabCut/Test/examples/openfield-Pranav-2018-10-30/config.yaml')
deeplabcut.load_demo_data(path_config_file)
*检查是否标记成功
#Perhaps plot the labels to see how the frames were annotated:
deeplabcut.check_labels(path_config_file)
#Note: the training set was already created, so you don't need to do this and can directly proceed to train the network!
实时监控显卡运行情况
watch -n 10 nvidia-smi
#        ^数字10代表每隔10s刷新一次数据

显卡跑起来了…在运行的过程中提示显存不够了…

训练完成,出现对应的训练模型

自己新建一个项目

1. 新建project
deeplabcut.create_new_project(`Name of the project',`Name of the experimenter', [`Full path of video 1',`Full path of video2',`Full path of video3'], working_directory=`Full path of the working directory',copy_videos=True/False)

(TIP: you can also place config_path in front of deeplabcut.create_new_project to create a variable that holds the path to the config.yaml file, i.e. config_path=deeplabcut.create_new_project(...))

然后就会自动在working directory工作文件夹中创建新的文件夹,命名方式为:project名称+试验人员名称Name of the experimenter+文档创建日期

详情见下一文章

以下是在Windows环境下安装DeepLabCut的步骤: 1. 安装Anaconda(如果您已经安装了,请跳过此步骤)。在Anaconda官网(https://www.anaconda.com/products/individual)上下载适用于您的操作系统的版本,安装后打开Anaconda Navigator。 2. 创建一个新的Python环境。在Anaconda Navigator中,单击“Environments”选项卡,然后单击“Create”按钮。输入环境名称并选择要使用Python版本,然后单击“Create”按钮。 3. 打开Anaconda Prompt。在Windows搜索栏中输入“Anaconda Prompt”并打开。 4. 在Anaconda Prompt中,安装Git。输入以下命令并按Enter键:`conda install git` 5. 克隆DeepLabCut仓库。输入以下命令并按Enter键:`git clone https://github.com/DeepLabCut/DeepLabCut.git` 6. 进入DeepLabCut文件夹。输入以下命令并按Enter键:`cd DeepLabCut` 7. 安装DeepLabCut。输入以下命令并按Enter键:`pip install -e .` 8. 安装其他依赖项。输入以下命令并按Enter键:`pip install tensorflow==1.14.0 scikit-image pillow pandas opencv-python-headless` 9. 在Jupyter Notebook中测试DeepLabCut。在Anaconda Prompt中输入以下命令并按Enter键:`jupyter notebook`。在Jupyter Notebook中,打开“examples”文件夹,在其中选择一个示例文件并运行它。 这些步骤应该可以帮助您在Windows环境下安装DeepLabCut。如果您遇到任何问题,请查看DeepLabCut文档(https://deeplabcut.github.io/DeepLabCut/docs/InstallationWindows.html)或在DeepLabCut论坛中寻求帮助(https://forum.image.sc/tag/deeplabcut)。
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