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DOCK6.9学习（VII）
DOCK6.9学习（VII）Amber Score的含义和使用方法Amber Score的含义使用文件准备1) Ligand Preparation:2) Receptor Preparation:a) Clean the PDB file:b) Determine the protonation state of titratable groups:c）验证PDB文件中的残基名称：3）生成Amb...原创 2020-01-19 23:42:25 · 1682 阅读 · 4 评论 -
DOCK6.9 学习(V)
DOCK6.9学习（VI）DOCK6.9 Generating Spheres生成受体的分子表面围绕受体生成球体选择生成球的子集作为位点的预测DOCK6.9 Generating Spheres生成受体的分子表面分子表面被定义为分子各原子以水同等大小球直接滚在受体各个原子的范德华表面从而产生一个连续的表面。表面的方向向量也同样会被计算从而生成每个球的大小。 我使用的是：Write DM...原创 2020-01-17 02:04:32 · 1433 阅读 · 3 评论 -
DOCK6.9学习（VI）
DOCK6.9学习（V）DOCK6.9 Generating Spheres生成受体的分子表面围绕受体生成球体Select a subset of spheres to represent the binding site(s).DOCK6.9 Generating Spheres生成受体的分子表面分子表面被定义为分子各原子以水同等大小球直接滚在受体各个原子的范德华表面从而产生一个连续的表面...原创 2020-01-16 00:02:16 · 1102 阅读 · 1 评论 -
DOCK6.9学习（IV）
DOCK6.9学习（IV）案例：DOCK6.9的半柔性对接示例蛋白质和配体结构的准备蛋白质结构的准备导入文件删除配体使用嗯Dock Prep tool来完成受体的准备。案例：DOCK6.9的半柔性对接示例蛋白质和配体结构的准备这里我们使用的是PDB database里1ABE.pdb结构，使用Chimera软件来完成这项工作。当然也可以用其他的方式。这里先把流程跑完然后再改变都可以。我也都...原创 2020-01-04 02:04:28 · 2505 阅读 · 6 评论 -
DOCK6学习(III)
DOCK6.9原创 2020-01-03 01:28:46 · 2496 阅读 · 2 评论 -
DOCK6学习（II）
DOCK6学习（I）DOCK6 简介DOCK6开发DOCK6安装DOCK6.9安装新的改变功能快捷键合理的创建标题，有助于目录的生成如何改变文本的样式插入链接与图片如何插入一段漂亮的代码片生成一个适合你的列表创建一个表格设定内容居中、居左、居右SmartyPants创建一个自定义列表如何创建一个注脚注释也是必不可少的KaTeX数学公式新的甘特图功能，丰富你的文章UML 图表FLowchart流程图...原创 2020-01-02 12:18:12 · 1407 阅读 · 1 评论 -
DOCK6学习（I）
DOCK6.9学习（I）DOCK6.9简介DOCK6.9背景DOCK6.9安装DOCK6.9功能DOCK6.9简介DOCK6.9背景DOCK6.9是一种分子模拟软件，由UCSF开发，可以识别活性位点并将分子以最低能量结合在已知结构蛋白及DNA的活性位点上。而DOCK6.9是先将刚性的分子用几何符合算法将配体套入一个负性状态的结合口袋。近几年来一直在进行更新。DOCK6.9安装DOCK6....原创 2020-01-02 00:04:06 · 2558 阅读 · 19 评论