DOCK6.9 学习(V)

DOCK6.9 Generating Spheres

生成受体的分子表面

分子表面被定义为分子各原子以水同等大小球直接滚在受体各个原子的范德华表面从而产生一个连续的表面。表面的方向向量也同样会被计算从而生成每个球的大小。
　　　我使用的是：Write DMS Tool in Chimera

1. File -> Open -> rec_noH.pdb.
2. Show: Actions -> Surface -> Show; Save: Tools -> Structure Editing -> Write DMS
   生成的文件取名为rec.ms

围绕受体生成球体

球体在整个表面上计算，每表面点产生大约一个球体。然后过滤这个稠密的表示，只保留与每个表面原子相关联的最大球体。然后使用一个单一链接算法对过滤集进行聚类。每个生成的集群表示目标中的一个外展。sphgen输入文件必须命名为INSPH，并包含以下信息：

// INSPH
rec.ms	#molecular surface file (no default)
R	#sphere outside of surface (R) or inside surface (L) (no default)
X	#specifies subset of surface points to be used (X=all points) (no default)
0.0	#prevents generation of large spheres with close surface contacts (default=0.0)
4.0	#maximum sphere radius in Angstroms (default=5.0)
1.4	#minimum sphere radius in Angstroms (no default)
rec.sph	#clustered spheres file (no default)

注意：＃-用于本教程，并且不能存在于INSPH输入文件中。
要生成球体，只需在包含INSPH和rec.ms文件的同一文件夹中使用命令“ sphgen”。输出将是两个文件：rec.sph（包含簇中的球体）和OUTSPH（包含有关计算的一般信息）。如果sphgen之前已经运行过，那么请确保在下一次执行之前删除输出文件（OUTSPH和rec.sph）。最后，由于技术原因，sphgen不能处理超过99999个球体。对于较大的目标，我们建议通过可视化程序选择蛋白质的一个子区域，并使用该子区域生成分子表面和球体。

选择生成球的子集作为位点的预测

一组球是网格生成程序的必需输入。下面介绍了三个选项，用于选择表示结合位点的球体。请注意，球形文件xxx.sph（这里是rec.sph）是纯文本，可以编辑。

选项1：
使用sphgen生成的最大群集
rec.sph文件中包含的聚类根据大小（聚类中的球数）进行排名。最大的簇通常是受体的配体结合位点。要可视化球体，请使用程序showsphere，该程序作为DOCK的附件分发。 showsphere输入文件可以具有任何名称，并包含以下信息（也可以在执erminl执行showsphere后逐项输入）：

// showsphere
rec.sph	#sphere cluster file
1	#cluster number to process (<0 = all)
N	#generate surface as well as pdb file
selected_cluster.pdb	#name for output file

注意：＃-用于本教程，并且不能存在于showsphere输入文件中。
要将sphere文件中的第一个也是最大的群集转换为pdb格式，请使用命令

// showsphere
 showsphere <sphgen_cluster.i

下面是最大簇的图片，其中蛋白质显示为紫色，球体显示为黄色（sphgen_cluster.pdb）。请注意，在Chimera中，每个SPH残基可能最初显示为一堆小点。动作->原子/键->球体将点变成较大的球体。要将球体文件中的第一个也是最大的簇用作网格生成程序的输入，只需编辑球体簇文件rec.sph即可删除其他簇。

选项2：
在所需位置的一定半径范围内选择球体
如果知道活动位点，则可以在描述该位点的一组原子的半径内选择球形。为此，请使用sphere_selector程序，该程序作为DOCK的附件分发。 sphere_selector的语法是:

// sphere_selector
sphere_selector sphgen_sphere_cluster_file.sph set_of_atoms_file.mol2 radius

在这里，我们使用命令“ sphere_selector rec.sph lig_charged.mol2 10.0”从配体晶体结构的每个原子中选择10.0埃均方根偏差（RMSD）内的所有球。输出文件的名称始终为selected_spheres.sph。
可以使用选项1中提到的showsphere程序，通过命令“ showsphere <selected_spheres.in”来可视化这些球体。下面是选定球体（蓝色）（selected_spheres.pdb）的图片：

选项3： (不太理解．．．还要在看看．)
手动添加球体
如果感兴趣的空间区域中sphgen的分布较差，则可以使用此选项。为此，请从模板球文件开始并对其进行编辑，以根据以下格式添加或修改参数：
格式：（I5、3F10.5，F8.3，I5，I2，I3），其值对应于
与表面点关联的第一个原子的数量；即表面法线定义球心的原子；在上面的图片中指向
新球体中心点Ｉ的X，Y和Z坐标；
球体半径；
与表面点关联的第二个原子的数目；上图中的j点；
该球所属的关键簇（仅用于关键点过滤器）；
球体颜色（仅用于化学匹配）．

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大概了解了。以上的格式代表着每一行的所代表的意思。如果需要可以自己手动编辑。这样的话我可以根据多个ligand的来把最终生成的球确定。