DOCK6.9学习（VI）

本教程描述了DOCK中用于基于网格评分的网格的生成。 我们研究了与L-阿拉伯糖（PDB ID 1ABE）结合的L-阿拉伯糖结合蛋白复合体。 但是，这些技术应可转移至任何蛋白质-配体系统。
要开始本教程，请分别从“结构准备教程”和“球体生成和选择教程”中获取rec_charged.mol2和selected_spheres.sph文件。 需要随DOCK一起分发和安装的showbox和grid程序。

STEP 1: Creating a box around the active site.

交互式程序显示框用于可视化和定义要使用网格计算的网格的位置和大小。 该程序的输出为PDB格式，可以使用能够显示PDB文件的程序进行可视化。 交互式运行程序时，下面将显示一系列问题，根据您的回答，某些问题可能会或可能不会出现
运行命令“ showbox”以生成问题树并计算网格框。 或者，您可以在文本文件中列出问题的答案，然后可以使用命令“ showbox <box.in”将其通过管道传输到showbox中。参考前一篇博客就知道什么意思了。注意不要加“＃”项目。
输出rec_box.pdb如下图所示：

那我直接用autodock vina的盒子就行了！！！

STEP 2: Generating the Grid.

网格创建在DOCK中快速评估分数所必需的网格文件。有两种评分方式：接触评分和能源评分。得分网格存储分别在以*. cnt和*. nrg结尾的文件。做docking的时候，每个评分功能均独立于其他评分功能应用，并且将结果写入单独的输出文件中。网格还计算碰撞网格，该网格识别配体原子是否与受体原子处于严重的空间重叠。凹凸网格以* .bmp文件扩展名标识。包含凹凸网格的文件还存储所有网格的大小，位置和网格间距。
网格计算必须在对接之前执行。计算最多可能需要45分钟，但是每个受体位点只需进行一次。由于DOCK可以在没有网格的情况下执行连续评分，因此并不总是需要网格计算。但是，对于大多数对接任务，例如当考虑一个分子或多个分子的多种结合模式时，预先计算评分网格的时间效率更高。
本教程使用基于网格的能源评分功能。 DOCK的能量评分组件是一种力场评分。力场分数是近似的分子力学相互作用能，由范德华力和静电成分组成：
　　　　　　　　　　　
为了生成网格本身，您需要使用作为DOCK附件分发的程序网格（Kuntz等人，J。Mol。Biol。1982. 161：269-288）。使用第1步中生成的框，程序网格以指定的网格间距预先计算活动位置的接触和静电势。为了运行网格，必须以交互方式通过回答问题或通过创建文本文件来手动生成一个名为grid.in的文件。
命令如下：

USAGE: grid -i input_file [-o output_file] [-stv]
OPTIONS:
-i input_file #Input parameters extracted from input_file, or grid.in if not specified
-o output_file #Output written to output_file, or grid.out if not specified
-s #Input parameters entered interactively
-t #Reduced output level
-v #Increased output level

而后grid.in文件的相应参数如下：
grid.in和grid.out是默认的输入/输出名称，但您可以指定其他名称。以下是可为网格计算声明的参数。粗体字用于本教程中的计算。
注意：以下参数定义将使用以下格式：
parameter_name [默认]（值）：
＃描述
在某些情况下，如果强制使用上述参数，则仅需要参数（仅会询问问题）。这些参数在下面用附加的缩进表示。

compute_grids [no] (yes, no):
#Flag to compute scoring grids
	grid_spacing [0.3] (float):
# The distance between grid points along each axis.
output_molecule [no] (yes, no):
#Flag to write out the coordinates of the receptor into a new, cleaned-up file. Atoms are
#resorted to put all residue atoms together
	receptor_out_file [receptor_out.mol2] (string):
#File for cleaned-up receptor when output_molecule set
contact_score [no] (yes, no):
#Flag to construct contact grid
contact_cutoff_distance [4.5] (float):
#Maximum distance between heavy atoms for the interaction to be counted as a contact
bump_filter [no] (yes, no):
#Flag to screen each orientation for clashes with receptor prior to scoring and minimizing
bump_overlap [0.75] (float):
#Amount of VDW overlap allowed. If the probe atom and the receptor heavy atom approach
#closer than this fraction of the sum of their VDW radii, then the position is flagged as a bump
	#0 = Complete overlap allowed
	#1 = No overlap allowed
energy_score [no] (yes, no):
#Flag to perform energy scoring
energy_cutoff_distance [10] (float):
#Maximum distance between two atoms for their contribution to the energy score to be
#computed
atom_model [u] (u, a):
#Flag to control modeling of nonpolar hydrogens, i.e., hydrogens attached to carbons
#u = United atom model. These hydrogens are assigned a zero VDW well-depth and the partial charge is transferred to the carbon.
#a = All atom model. These hydrogens have regular VDW well-depth and the partial charge is not modified.
attractive_exponent [6] (int):
# Exponent of attractive Lennard - Jones term for VDW potential
repulsive_exponent [12] (int):
# Repulsive of attractive Lennard - Jones term for VDW potential
distance_dielectric [yes] (yes, no):
# Flag to make the dielectric depend linearly on the distance
dielectric_factor[4.0] (float):
#Coefficient of the dielectric
receptor_file [receptor.mol2] (string):
#Receptor coordinate file. Partial charges and atom types need to be present.
box_file [site_box.pdb] (float):
#File containing SHOWBOX output file which specifies boundaries of grid
vdw_definition_file [vdw.defn] (string):
#VDW parameter file
score_grid_prefix [grid] (string):
#Prefix for file name of grids. File extension will be appended automatically

注意：您应该为rec_charged.mol2，rec_box.pdb和vdw定义文件指定完整路径。有关评分功能和输入参数的更详细说明，
该程序将生成一个输出文件anchor_and_grow.out，汇总运行中使用的参数，任何警告或错误消息以及有关最佳评分姿势的摘要信息。它还将生成一个结构文件anchor_and_grow_scored.mol2，其中包含最佳姿势的几何坐标以及该姿势的交互能量的摘要。这些文件是人类可读的，应仔细检查。另请参阅有关Chimera ViewDock的先前注释。