SMILES/SMARTS中手性标识符(@/@@)与R/S异构

SMILES/SMARTS中分子手性(chirality)标识符(@/@@)是用于定义手性原子所连接的其他原子在立体结构中的相互位置关系,可重现分子立体结构。

Daylight Theory Manual 第四章(4. SMARTS - A Language for Describing Molecular Patterns)中关于手性的定义:

SymbolSymbol nameAtomic property requirementsDefault
@chiralityanticlockwiseanticlockwise, default class2
@@chiralityclockwiseclockwise, default class2

 

R/S构型的确定是以具体的分子立体结构和原子环境为基础的,根据手性原子所连接基团的优先次序判断其为R构型或S构型。


若要通过SMILES/SMARTS判断R/S构型,则需要经过两个步骤,分别涉及手性描述符(@/@@)和R/S标记符:

1. 通过SMILES/SMARTS以及其中的手性标识符(@/@@)重现完整的分子立体结构与手性原子的原子环境;

2. 在第一步所得立体结构和原子环境的基础上,根据手性原子周围所连接的基团及其所处立体位置判断该手性中心为R构型还是S构型。

 因此可以推断,手性标识符(@/@@)与R/S构型无明确对应关系,@或@@标识符均有可能得到R构型或S构型的结果。

 

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