Rdkit|分子输出

Rdkit|分子输出

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输出SMILES/SMARTS

输出SMILES：MolToSmiles(mol, isomericSmiles, kekuleSmiles, canonical, …)
kekuleSmiles：默认False，不使用kekule时：脂肪族碳用"C"表示（大写），芳香族用"c"表示（小写）
isomericSmiles：默认True，区分同分异构体（"@“表示手性，”\“和”/"表示顺反异构）
canonical：默认True，输出标准SMILES

from rdkit import Chem
m1 = Chem.MolFromSmiles('C1=CC=CC=CC=C1')
m2 = Chem.MolFromSmiles('C1=CC=CC=C1')
m3 = Chem.MolFromSmiles('C1=COC=C1')
mols = [m1, m2, m3]
print([Chem.MolToSmiles(mol) for mol in mols])

输出kekule式

kekule形式：在符合4N+2规则的芳香体系中，通过使用双键代替小写的碳原子来表示芳香性
4N+2规则：也叫Hueckel规则，在闭环共轭体系中，当π电子数为4n+2时，才具有芳香性

for mol in mols:
    Chem.Kekulize(mol)
print([Chem.MolToSmiles(mol, kekuleSmiles=True) for mol in mols])

设置立体参数

通过isomericSmiles控制

m = Chem.MolFromSmiles('C[C@H](O)c1ccccc1')
print(Chem.MolToSmiles(m))

print(Chem.MolToSmiles(m, isomericSmiles=False))

批量输出SMILES

批量输出SMILES：SmilesWriter(fileName, delimiter, includeHeader, nameHeader, isomericSmiles, kekuleSmiles)
fileName：输出文件名
delimiter：分隔符，默认为空格’ ’
includeHeader：是否写入表头，默认True
nameHeader：分子名一列的列名，默认’Name’
isomericSmiles：立体信息，默认True
kekuleSmiles：kekule形式，默认False

writer = Chem.SmilesWriter('data/batch.smi', delimiter='\t')
for i, mol in enumerate(mols):
    writer.write(mol)
writer.close()

批量输出SMILES和属性

批量输出SMILES及属性，通过以下函数进行操作：
mol.GetPropNames()，查看分子属性列表
mol.GetProp()，获取相应属性
mol.SetProp(key, val)，新增属性名key、对应属性值val
writer.SetProps()，设置哪些属性要输出

from rdkit.Chem import Descriptors

writer = Chem.SmilesWriter('data/batch_smiles.smi', delimiter='\t', nameHeader='mol_id')
writer.SetProps(['LOGP', 'MW'])
for i, mol in enumerate(mols):
     mw = Descriptors.ExactMolWt(mol)
     logp = Descriptors.MolLogP(mol)
     mol.SetProp('MW', '%.2f' %(mw))
     mol.SetProp('LOGP', '%.2f' %(logp))
     mol.SetProp('_Name', 'No_%s' %(i))
     writer.write(mol)
writer.close()
print('number of mols:', writer.NumMols())

print('mol properties:', [i for i in mol.GetPropNames()])

输出SMARTS

输出SMARTS：MolToSmarts()

Chem.MolToSmarts(m3, isomericSmiles=True)

输出.sdf

批量输出到文件：SDWriter()
使用方法类似于SMILES的批量输出

writer = Chem.SDWriter('data/batch.sdf')
writer.SetProps(['LOGP', 'MW'])
for i, mol in enumerate(mols):
     mw = Descriptors.ExactMolWt(mol)
     logp = Descriptors.MolLogP(mol)
     mol.SetProp('MW', '%.2f' %(mw))
     mol.SetProp('LOGP', '%.2f' %(logp))
     mol.SetProp('_Name', 'No_%s' %(i))
     writer.write(mol)
writer.close()

.批量输出到.gz

import gzip
outf = gzip.open('data/batch.sdf.gz','wt+')
writer = Chem.SDWriter(outf)
for mol in mols:
    writer.write(mol)
writer.close()
outf.close()

输出.mol

直接输出：MolToMolBlock()

print(Chem.MolToMolBlock(m1))

输出到文件：MolToMolFile(mol, filename, includeStereo, …)
mol：mol对象
filename：文件名
includeStereo：立体信息，默认True

m1.SetProp('_Name', 'cyclobutane')
Chem.MolToMolFile(m1, 'data/sig.mol')

输出其他格式:pdb, fasta, xyz…

# PDB
Chem.MolToPDBBlock()
Chem.MolToPDBFile()
Chem.PDBWriter()
# FASTA
Chem.MolToFASTA()
# XYZ
Chem.MolToXYZBlock()
Chem.MolToXYZFile()