富集分析GO KEGG GSEA的区别

GO和KEGG是基于不同的分类思想而储存的基因相关功能的数据库,富集分析就是一个把这些功能进行进行整合计算的算法，GO富集，就是研究基因的本质的，从三个层面，分别描述基因的分子功能（molecular function）、细胞组分（cellular component）、参与的生物过程（biological process）。如一个基因，她的分子功能可能是具有催化活性，她的细胞组分，也就是其在细胞中定位为细胞膜，参与的生物过程为蛋白质运输过程，这就是这个基因按照三种不同的分类方式进行的定义。

KEGG和GO的区别主要体现在，GO的三个层面彼此之间是没有任何联系的，KEGG不仅有基因集，还定义了基因和代谢物之间的复杂的相互关系，所以才能叫做pathway，与GO中的生物过程有点类似。
GO数据库的基础就是一个一个的GO term，它们是树状的结构，存在冗余。GO database的root node有三个，分别为BP、CC、MF。KEGG就是人工注释的一张又一张代谢通路，是网状的。GO term是一个纯粹的基因集，没有定义里面基因的相互关系；KEGG不仅有基因集，还定义了基因和代谢物之间的复杂的相互关系，所以才能叫做pathway。论相似性，从纯基因集的角度，GO的BP和KEGG有较高的相似性。GO一般用来找差异基因引起的功能改变，KEGG则寻找通路上的影响。
但无论是GO还是KEGG，他们的富集方法都基于统计学上的超几何分布。假设有m个背景基因，背景基因中某一通路pathway中注释的基因有n个，而我的基因集中有k个基因，有l个富集到了该通路中，简单来讲就是比