测序名词解释

测序深度（Sequencing Depth）是指：测序得到的碱基总量（bp）与基因组（转录组或测序目标区域大小）的比值，是评价测序量的指标之一。

测序深度的计算公式为：

测序深度 = （L × N）/ G

L：读段(reads)长度；N：读段数目；G：测序目标区域大小

覆盖度（coverage）是指测序获得的序列占整个基因组的比例。由于基因组中的高GC、重复序列等复杂结构的存在，测序最终拼接组装获得的序列往往无法覆盖所有的区域，这部分未覆盖的区域就称为Gap。值得注意的是，sequencing coverage指的就是depth of sequencing coverage也就是sequencing depth，反映了一个区域平均被多少个reads测到。

举个例子

假设对一段2000 bp（G：测序目标区域大小）的目标序列进行单端测序，得到1000条reads（N：读段数目），每条reads 200bp（L：读段长度），测序后把所有的reads比对到目标区域后，若2000bp的目标区域中有1800bp的位置至少有1个read覆盖到，而剩余的200bp没有任何read覆盖到，

可见，测序深度与覆盖度是成正相关的。

而不同实验对于测序量的需求，与目标区域的大小、突变类型和疾病