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Python
hyena_7
这个作者很懒,什么都没留下…
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Python:SyntaxError: multiple statements found while compiling a single statement
若是python环境里面不可以多行复制运行,报错:SyntaxError: multiple statements found while compiling a single statement。解决方法:退出当前python环境后,执行。原创 2022-09-04 11:27:41 · 8102 阅读 · 0 评论 -
RuntimeError: Attempting to deserialize object on a CUDA device but torch.cuda.is_available() is F..
真是乌鱼子,因为是在另一个服务器上写的代码,就忘了加gpu参数了,以后不可以犯这种错误了。原创 2022-09-03 13:57:48 · 2423 阅读 · 0 评论 -
Error in py_run_file_impl(file, local, convert) : ModuleNotFoundError: No module named ‘igraph‘
此时我已经知道了我应该往哪个虚拟环境里面安装igraph包,就是 /public/home/hpc/.local/share/r-miniconda/envs/r-reticulate/py_module_available(“igraph”)#返回了False。use_condaenv(“r-reticulate”)#指定虚拟环境。即可,继续提交我的R任务,成功出结果!...原创 2022-08-29 11:25:01 · 1687 阅读 · 3 评论 -
R语言:如何存储超大数据集
有的时候数据会以.RDS的格式被提供,这个时候就只能用R语言读取文件。如果遇到超大数据怎么把数据存储出来呢?可以发现这个数据特征数非常多,我要获取归一化以后的data矩阵。代码如下:save_npz_.py文件里面的内容:...原创 2022-06-09 16:59:46 · 889 阅读 · 0 评论 -
Python新建list,且添加或删除新元素
L = list() #创建一个空的列表L.append(‘a’)原创 2022-06-08 20:40:10 · 691 阅读 · 0 评论 -
Python: Dataframe中获取行名和列名的list
多模态就是同时测一个细胞的多个信息,多组学是指多个组学,不一定来源于同一细胞原创 2022-06-08 20:27:11 · 2735 阅读 · 0 评论 -
MultiVI NaN in latent representation
scvi-tools开发者提供的这个tutorial(https://docs.scvi-tools.org/en/stable/tutorials/notebooks/MultiVI_tutorial.html)里面给的是scRNA-seq和scATAC-seq存在unpaired数据时的处理情况,对于都是paired的数据是不能正确运行的。我在github上提出问题之后,scVI-tools的开发者Adam Gayoso立即对我的问题进行解答,非常感谢Adam Gayoso,不厌其烦帮我解决了fully原创 2022-03-11 11:20:01 · 312 阅读 · 0 评论 -
ModuleNotFoundError: No module named ‘cobolt‘
今天pip 安装cobolt包,安装成功,但是在import的时候from cobolt.utils import SingleData, MultiomicDatasetfrom cobolt.model import Cobolt发生报错:ModuleNotFoundError: No module named 'cobolt'就很诡异,因为pip list,显示我已经在当前虚拟环境成功安装cobolt.我试着pip uninstall cobolt,意外发现:这个包的安装位置不是在c原创 2022-03-09 22:31:03 · 339 阅读 · 5 评论 -
No module named ‘sklearn.utils.linear_assignment_‘
在引入一个python包的时候,报错:No module named ‘sklearn.utils.linear_assignment_‘有人说是版本问题,但是我降低版本也不好使,后来我发现有报错信息:我就猜到应该是安装包冲突了,卸载了scVI,错误解决...原创 2022-03-08 20:27:58 · 1071 阅读 · 0 评论 -
Python R分别读取.h5ad文件
1.Python读取.h5ad文件(比R方便)在这里插入代码片import anndataimport pandas as pdadata=anndata.read("/home/R/R_data/Seurat/PBMC10/output/adata.h5ad")adata.X.todense()X=pd.DataFrame(adata.X.todense())cell_name=adata.obs.indexchr_name=adata.var.indexX.index=cell_name原创 2022-02-22 13:27:02 · 9525 阅读 · 7 评论