pathway通路
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余丁,微生信
这个作者很懒,什么都没留下…
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KEGG Pathway通路二级分类汇总,轻松找到感兴趣的通路
做完通路富集分析,拿到几十条富集通路后,我们经常会寻找与“某关键词”相关的通路。例如与癌症相关的通路,与免疫相关的通路,与代谢相关的通路等等。单纯从名字来看,面对几十甚至上百个英文通路名,一时半会还真分不清。今天,给大家带来一款实用的KEGG Pathway通路汇总小工具。使用这款工具,我们可以快速找到感兴趣的通路,例如癌症相关通路,免疫相关通路等,并最终汇总成一张美图。原创 2022-10-23 00:26:56 · 6020 阅读 · 0 评论 -
来了,来了~GSEA官网更新,Mouse基因集终于有了“官方认证”
长久以来GSEA官网都是“稳如磐石”,Human基因集占据着统治地位,而其他物种一直没有上线。研究其他物种(例如小鼠)的研究者不得不自己构建基因集,然而,没有官方认证的基因集往往缺乏“底气”。9月7日,我们终于迎来了GSEA网站的一次大更新!跟着小编一起来看看吧!原创 2022-09-15 22:53:26 · 1510 阅读 · 0 评论 -
在线绘制GO、Pathway富集结果弦图
富集分析是生物医学论文中非常常见的一类分析,例如GO富集分析,Pathway富集分析等。其结果一般包括以下几个要素:1,名字(GO term或者KEGG description);2,该名字中包含的基因;3,该名字中包含的基因的P值等。常见的绘图包括:气泡图,条形图。今天我们利用GOplot R包,来绘制一个弦图(chord plot)。弦图简介:下面这个圆形的、错综复杂的图就是弦图,属于圈图的一种,在高大上的生物医学类文章中会经常见到。弦图可以展示多个对象间的关系。例如这里就展示了5个不同GO term(原创 2022-08-26 22:24:31 · 1684 阅读 · 0 评论