使用corrplot绘制行、列不同,且带有p值显著性标注的相关系数图

导读:

相关系数衡量两个变量之间的线性关系,通常以N*N的矩阵形式展示。例如样品vs样品,或者基因vs基因的相关性。本文介绍了使用corrplot R包绘制M*N的相关系数矩阵,例如M个基因表达与N个代谢物信号间的相关性,同时带上p值显著性标注。

Diabetes, Metabolic Syndrome and Obesity文章《Dysbiosis of the Salivary Microbiome is Associated with Hypertension and Correlated with Metabolic Syndrome Biomarkers》fig 9 展示了不同微生物与生化、表型特征间的相关系数。图中X轴为不同的微生物,Y轴为不同的血浆生化指标或人口统计特征。图中的点表示spearman相关系数,红色点表示负相关,绿色点表示正相关。红色点越大,表示负相关越大;绿色点越大,表示正相关越大。点上的星号(*)表示p值。***: p<=0.001, **: p<=0.01,*:p<=0.05。从图中可以看出,收缩压(Systolic BP)、舒张压(Diastolic BP)、葡萄糖(Glucose)等指标与众多微生物正相关,且显著。而乳制品摄入(Dairy_intake)、胰岛素(insulin)、吸烟(Smoking)等与微生物相关性不显著。

相关系数简介

相关系数(correlation coefficient)是一个介于-1和1之间的数,用于衡量两个变量之间的线性关系。如果两个变量之间的变化趋势是一致的,即一个变量增加时另一个也增加,那么它们之间的相关系数为正;如果一个变量增加而另一个减少,则相关系数为负。接近1的相关系数表示强正相关。接近-1的相关系数表示强负相关。接近0的相关系数表示两个变量之间没有或几乎没有线性关系。

常见的相关系数包括:

  • 皮尔逊相关系数(Pearson correlation coefficient):适用于测量两个连续变量之间的线性相关性
  • 斯皮尔曼等级相关系数(Spearman’s rank correlation coefficient):适用于测量两个变量的等级(或排序)之间的相关性,不要求数据是线性的
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