linux子系统安装gromacs,科学网—Windows下GROMACS程序的编译 - 李继存的博文

2015-12-07 22:12:05

总的来说, Windows下的GROMACS程序用于模拟意义不大, 对于长时间的模拟, 我都是放在Linux服务器上进行的. 但将Windows下的GROMACS程序作为一个辅助工具来使用还是有意义的. 因为大多数时候, 我都是在Windows下准备输入文件的, 然后测试一下准备好的输入文件是否能正确生成.tpr文件, 简单测试一下生成的.tpr文件能不能正常运行, 或是测试一下分析命令的用法. 如果为此而装一个Linux的虚拟机, 感觉太麻烦了, 使用起来也不顺手, 因为我毕竟是个Windows的深度用户.

相对而言, Linux系统下GROMACS的编译安装还算简单, 也有很多资料, 但Windows系统下有关的编译安装资料却不多. 网上也流传有一个编译好的4.6.2的单精度版本, 其他的我还没看到过. 最近, 我需要测试GROMACS 5.x版本的一些新功能, 所以就试着在64位Windows 7下用Intel的C编译器编译了一下GROMACS 5.1.1, 这里简记下编译过程, 供需要者参考.准备工作安装微软的Visual Studio 2013

虽然VS有更新的版本, 但我使用的2015版Intel C编译器目前只支持VS2013, 所以我就安装了VS2013, 就不去测试其他版本的VS了.安装Intel Composer XE 2015

这是Intel整合好的一套工具, 包括了编译器, MKL库, IMPI以及一些性能测试工具等, 只要装好就全部可以用了, 省得一个一个地装.安装cmake

GROMACS 5.x版本使用cmake构建, 所以需要安装cmake. 直接到官方网站下载即可. 我下载的是Windows ZIP cmake-3.4.1-win32-x86.zip. 不需要安装, 解压后能直接使用. 解压后得目录cmake-3.4.1-win32-x86, 其中的../cmake-3.4.1-win32-x86/bin/cmake-gui.exe即可运行.下载GROMACS源代码

到官方网站下载GROMACS源代码. 我下载的是gr