gromacs 安装_安装gromacs的一些心得

这段时间，老师叫我用gromacs算一下一个结构的自由能。没办法，又开始重拾我一年前使用gromacs的记忆。

去年国庆的时候，服务器宕机了，重装了系统。请工程师安装了一些日常用的软件，但貌似当时没帮我们安装上gromacs。再次没办法，只能自己安装一下了。之前服务器崩溃了貌似就是因为老师安装了某个库，然后系统不兼容，就导致系统gg了。加上我这个Linux大白菜，自己安装不由得缩手缩脚。当时对Linux安装软件真的是一窍不通，不敢乱搞，只能按照网上给的教程一步一步来操作。奈何，还是太菜，安装了好久没安装好。最后还是在网上找到了一个比较详细一点的教程才安装好。

而又经过了这段时间安装xmgrace的折磨和心得，再重新整理一下gromacs的安装步骤吧。(我安装的是并行计算的版本，如果不想安装这个版本的话，在最后编译那里就不要加 -DGMX_MPI=ON这个选项了)

其实安装步骤也是非常简单的，和我上一个随笔的一般步骤差不太多，就是要安装一些依赖库，以及需要cmake来编译。

话不多说，开始：

①首先，安装gromacs需要cmake3.x才能编译程序，所以，系统没有cmake的，需要安装一下cmake，安装步骤也是很简单，上一个随笔。

②其次，需要用到依赖库快速傅里叶变换库fftw3.3.8，so，系统没有这个库的也需要安装一下。

③上面的两步骤完成之后，注意要配置一下环境变量，修改.bashrc文件添加环境变量，以便方便后续安装。不配置也行，在安装的时候加上选项即可。

④下载gromacs源码包，解压，进入目录，新建build文件夹，进入目录直接就进行编译了。。。用cmake3进行编译，可能在编译的时候直接配置了吧。(下面反斜杠\的意思是接下一行的内容)

cmake .. -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/opt/gmx512  \

-DFFTWF_LIBRARY="/opt/fftw338/lib/libfftw3f.so"  \

-DFFTW_INCLUDE_DIR="/opt/fftw338/include/"  \

-DCMAKE_C_COMPILER=/opt/software/gcc-7.3.0/bin/gcc  \

-DCMAKE_CXX_COMPILER=/opt/software/gcc-7.3.0/bin/g++   \

-DGMX_MPI=on

上面的命令就是编译命令，第一个选项-DCMAKE_INSTALL_PREFIX是你的安装路径，后一个选项-DFFTWF_LIBRARY是依赖包路径，后一个 -DFFTW_INCLUDE_DIR也是(如果你配置了fftw的环境变量，就不需要加这两个选项了)。后面一个选项-DCMAKE_C_COMPILER貌似还要用到c编译器，加一下c编译器的路径，还有下面一个-DCMAKE_CXX_COMPILER选项c++编译器路径，最后一个选项 -DGMX_MPI是你安装的是mpi版本，也就是并行计算的版本，如果不是安装并行版本，就不要加这个选项，由于我是安装在服务器集群上面的，所以我肯定是要并行计算的，不然白白浪费了这服务器集群的计算资源！

⑤编译完成后，安装install

make install -j10

上面是利用10个核来编译，其实也没必要用这么多，网上教程说，4个核编译，不到10分钟完成。

⑥完成！Done！