这段时间,老师叫我用gromacs算一下一个结构的自由能。没办法,又开始重拾我一年前使用gromacs的记忆。
去年国庆的时候,服务器宕机了,重装了系统。请工程师安装了一些日常用的软件,但貌似当时没帮我们安装上gromacs。再次没办法,只能自己安装一下了。之前服务器崩溃了貌似就是因为老师安装了某个库,然后系统不兼容,就导致系统gg了。加上我这个Linux大白菜,自己安装不由得缩手缩脚。当时对Linux安装软件真的是一窍不通,不敢乱搞,只能按照网上给的教程一步一步来操作。奈何,还是太菜,安装了好久没安装好。最后还是在网上找到了一个比较详细一点的教程才安装好。
而又经过了这段时间安装xmgrace的折磨和心得,再重新整理一下gromacs的安装步骤吧。(我安装的是并行计算的版本,如果不想安装这个版本的话,在最后编译那里就不要加 -DGMX_MPI=ON这个选项了)
其实安装步骤也是非常简单的,和我上一个随笔的一般步骤差不太多,就是要安装一些依赖库,以及需要cmake来编译。
话不多说,开始:
①首先,安装gromacs需要cmake3.x才能编译程序,所以,系统没有cmake的,需要安装一下cmake,安装步骤也是很简单,上一个随笔。
②其次,需要用到依赖库快速傅里叶变换库fftw3.3.8,so,系统没有这个库的也需要安装一下。
③上面的两步骤完成之后,注意要配置一下环境变量,修改.bashrc文件添加环境变量,以便方便后续安装。不配置也行,在安装的时候加上选项即可。
④下载gromacs源码包,解压,进入目录,新建build文件夹,进入目录直接就进行编译了。。。用cmake3进行编译,可能在编译的时候直接配置了吧。(下面反斜杠\的意思是接下一行的内容)
cmake .. -DCMAKE_INSTALL_PREFIX=/opt/gmx512 \
-DFFTWF_LIBRARY="/opt/fftw338/lib/libfftw3f.so" \
-DFFTW_INCLUDE_DIR="/opt/fftw338/include/" \
-DCMAKE_C_COMPILER=/opt/software/gcc-7.3.0/bin/gcc \
-DCMAKE_CXX_COMPILER=/opt/software/gcc-7.3.0/bin/g++ \
-DGMX_MPI=on
上面的命令就是编译命令,第一个选项-DCMAKE_INSTALL_PREFIX是你的安装路径,后一个选项-DFFTWF_LIBRARY是依赖包路径,后一个 -DFFTW_INCLUDE_DIR也是(如果你配置了fftw的环境变量,就不需要加这两个选项了)。后面一个选项-DCMAKE_C_COMPILER貌似还要用到c编译器,加一下c编译器的路径,还有下面一个-DCMAKE_CXX_COMPILER选项c++编译器路径,最后一个选项 -DGMX_MPI是你安装的是mpi版本,也就是并行计算的版本,如果不是安装并行版本,就不要加这个选项,由于我是安装在服务器集群上面的,所以我肯定是要并行计算的,不然白白浪费了这服务器集群的计算资源!
⑤编译完成后,安装install
make install -j10
上面是利用10个核来编译,其实也没必要用这么多,网上教程说,4个核编译,不到10分钟完成。
⑥完成!Done!