使用windows版Gromacs进行正则模分析

之前组里的服务器上安装的是4.5单精度版本GROMACS，结果自己试了好多天计算正则模都没有成功。我一直以为它是双精度的，结果今天打开log一看，惊呆了，是我一直搞错了。迫于很急，自己对于linux安装软件也不熟悉，果断下了一个双精度版本的win版GMX，结果发现异常好用，下面写一下我用来计算正则模的过程（简正模式）。

GROMACS的win版，是在cmd下使用。首先要cd到他的文件夹的bin目录下。然后输入gmx.exe，就运行gmx了

之后输入命令需要前边带上gmx.exe

能量最小化

gmx pdb2gmx -f protein.pdb -o protein.gro -p protein.top -ignh

steep

gmx grompp -v -f steep.mdp -c protein.gro -p protein.top -o protein-steep.tpr

gmx mdrun -v -deffnm protein-steep -c protein-steep.gro -s protein-steep.tpr

cg

gmx grompp -v -f cg.mdp -c protein-steep.gro -p protein.top -o protein-cg.tpr

gmx mdrun -v -deffnm protein-cg -c protein-cg.gro -s protein-cg.tpr

Lbfgs

gmx grompp -v -f lbfgs.mdp -c protein-cg.gro -p protein.top -o protein-lbfgs.tpr

gmx mdrun -v -deffnm protein-lbfgs -c protein-lbfgs.gro -s protein-lbfgs.tpr

正则模分析

gmx grompp -v -f nma.mdp -c protein-vacuum-min.gro -p protein.top -o protein-vacuum-nma.tpr

gmx mdrun -v -s protein-vacuum-nma.tpr -mtx protein-vacumm-nma.mtx

gmx nmeig -f protein-vacumm-nma.mtx -s protein-vacuum-nma.tpr -first 1- last 10000

正则模分析需要能量最小化，在真空中就可以了。

我把win版GROMACS上传在我的资源里了，需要的小伙伴可以自行下载！