BioPython 是一个用来处理序列和生物信息的python包,里面包含了很多的工具,可以用来直接读取fasta格式。安装可以通过两种方式,pip方式:
1. pip 方式
pip3 install biopython
打开python终端,
>>> import Bio
>>> from Bio import SeqIO
报错:
---------------------------------------------------------------------------
ImportError Traceback (most recent call last)
in
----> 1 from Bio import SeqIO
ImportError: cannot import name 'SeqIO' from 'Bio' (unknown location)
Bio可以导入,但package显示未知的位置,查看biopython包的位置:
>>> import Bio
>>> help(Bio)
输出:
Help on package Bio:
NAME
Bio
PACKAGE CONTENTS
FILE
(built-in)
没有发现包,由于我用的是jupyter notebook,大家可以关闭kernel然后重启,或者关闭重新打开了一个页面,再测试。如果还有问题,尝试使用