怎么使用biopython_BioPython的安装和使用

BioPython 是一个用来处理序列和生物信息的python包,里面包含了很多的工具,可以用来直接读取fasta格式。安装可以通过两种方式,pip方式:

1. pip 方式

pip3 install biopython

打开python终端,

>>> import Bio

>>> from Bio import SeqIO

报错:

---------------------------------------------------------------------------

ImportError Traceback (most recent call last)

in

----> 1 from Bio import SeqIO

ImportError: cannot import name 'SeqIO' from 'Bio' (unknown location)

Bio可以导入,但package显示未知的位置,查看biopython包的位置:

>>> import Bio

>>> help(Bio)

输出:

Help on package Bio:

NAME

Bio

PACKAGE CONTENTS

FILE

(built-in)

没有发现包,由于我用的是jupyter notebook,大家可以关闭kernel然后重启,或者关闭重新打开了一个页面,再测试。如果还有问题,尝试使用

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