r语言热图太大卡死怎么办_R语言学习 – 热图绘制 (heatmap)

热图绘制

热图是做分析时常用的展示方式，简单、直观、清晰。可以用来显示基因在不同样品中表达的高低、表观修饰水平的高低等。任何一个数值矩阵都可以通过合适的方式用热图展示。

本篇使用R的ggplot2包实现从原始数据读入到热图输出的过程，并在教程结束后提供一份封装好的命令行绘图工具，只需要提供矩阵，即可一键绘图。

上一篇讲述了Rstudio的使用作为R写作和编译环境的入门，后面的命令都可以拷贝到Rstudio中运行，或写成一个R脚本，使用Rscript heatmap.r运行。我们还提供了Bash的封装，在不修改R脚本的情况下，改变参数绘制出不同的图形。

生成测试数据

绘图首先需要数据。通过生成一堆的向量，转换为矩阵，得到想要的数据。data

[1] 1.0 2.0 3.0 4.0 5.0 6.0 6.0 5.0 4.0 3.0 2.0 1.0 6.0 5.0 4.0 3.0 2.0 1.0 1.0

[20] 2.0 3.0 4.0 5.0 6.0 0.6 0.5 0.4 0.3 0.2 0.1 0.1 0.2 0.3 0.4 0.5 0.6 0.1 0.2

[39] 0.3 0.4 0.5 0.6 0.6 0.5 0.4 0.3 0.2 0.1 1.0 2.0 3.0 4.0 5.0 6.0 6.0 5.0 4.0

[58] 3.0 2.0 1.0 6.0 5.0 4.0 3.0 2.0 1.0 1.0 2.0 3.0 4.0 5.0 6.0 6.0 5.0 4.0 3.0

[77] 2.0 1.0 1.0 2.0 3.0 4.0 5.0 6.0 1.0 2.0 3.0 4.0 5.0 6.0 6.0 5.0 4.0 3.0 2.0

[96] 1.0

注意：运算符的优先级。> 1:3+4

[1] 5 6 7

> (1:3)+4

[1] 5 6 7

> 1:(3+4)

[1] 1 2 3 4 5 6 7

Vector转为矩阵 (matrix)，再转为数据框 (data.frame)。# ncol: 指定列数

# byrow: 先按行填充数据

# ?matrix 可查看函数的使用方法

# as.data.frame的as系列是转换用的

data

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