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咬定青山不放松,立根原在破岩中。
千磨万击还坚劲,任尔东西南北风。
——郑燮
最近好久没有更新了,因为这段时间确实有点忙吧,改改文章,转录组的基本分析算是都学了一遍了,又学学新知识(最近在看可变剪切和lncRNA分析虽然和我的课题没关),这两天算是刚闲一会,熬夜写了点东西,主要包括顺式作用元件作图和前段时间一直在看的WGCNA。 基因家族分析中,常常会分析基因启动子的顺式作用元件![641f0d9f65e70cd816acb18683c18939.png](https://i-blog.csdnimg.cn/blog_migrate/31a0526fd474da59473b0ac7f53e746b.png)
1 顺式作用元件分析
首先需要准备的两个文件,物种基因组序列的fna文件,物种的gff3文件。
第一步先要提取基因上游2000bp序列。 打开TBtools中下方工具5个步骤需要的数据准备
1:物种gff文件(一般在各个数据库网站下载)
2:文件拉入后,点击Initialize录入数据
3和4:调整目标CDS、protein_id
5:物种基因组序列fna文件
6:上游2000bp
7:输出文件路径
8:得到物种所有基因的启动子序列文件
第二步获取目标基因的启动子序列文件