蛋白对接_分子对接|02 蛋白质和小分子的3D结构前处理

说在前面

       在开始分子对接之前，我们需要准备蛋白质和小分子的3D结构，并对这些3D结构进行预处理和结构优化，以便进行合理可靠的分子对接。              

1、为了验证前期的网络药理学结果，可以将蛋白质全称在pdb网站  http://www.rcsb.org/里搜索3D结构，有时名称会有差异，着重看结构是否一样。(下载结构时，会有蛋白质和配基共同存在的，这时注意要下载不影响对接的结构，如果PDB库里没有单纯的蛋白质结构，可以用pymol来去除干扰配基。这一部分会在后面进行介绍。)

2、下载PDB格式的文件。

3、下载药物分子的三维结构。去https://zinc.docking.org/substances/home/下载mol2格式。