蛋白对接_使用autodock执行小分子和蛋白质的共价对接

作者：石诚

来源：大科研小分享(Ai_Fen_Xiang2020)

本篇推文的参考来源：跟着我左手右

(视频链接：https://www.bilibili.com/video/BV1D7411A7tj)

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碎碎念

本推文是参考我的一个小老弟：跟着我左手右发布在B站的视频(视频链接见开头)而出的，然后笔者对其中的一些操作进行了补充与修改(已获得小老弟的同意)。由于autodock已经很久没有更新了，所以笔者使用特殊的体系对接时还是出现了一些问题。后续笔者将对其进行说明。本篇推文操作难度过高，劝退警告。

相关软件的安装 需要用到的软件 autodock 分子可视化软件(这里使用MOE)Anaconda openbabelNumpy 相关软件安装 1. Anaconda安装：https://www.anaconda.com/distribution/  下载windows python3.7版本。安装时，选择安装路径， 勾选由Anaconda配置环境变量的选项(具体是啥英文我忘了，勾选后将不需要自己配置环境变量)，一直点继续。 2. 安装openbabel(用于转化为autodock特有的文件格式)和numpy(矩阵变换) windows>开始>查询>输入cmd打开终端 新建一个python=2.7的虚拟环境，因为autodock是基于python2.7开发的。所以使用python3.7的anaconda会报错 输入 conda activat