bowtie2-2.1.0/
bowtie2-2.1.0/scripts/
bowtie2-2.1.0/scripts/make_a_thaliana_tair.sh
bowtie2-2.1.0/scripts/make_b_taurus_UMD3.sh
bowtie2-2.1.0/scripts/make_canFam2.sh
bowtie2-2.1.0/scripts/make_c_elegans.sh
bowtie2-2.1.0/scripts/make_d_melanogaster.sh
bowtie2-2.1.0/scripts/make_e_coli.sh
bowtie2-2.1.0/scripts/make_hg18.sh
bowtie2-2.1.0/scripts/make_hg19.sh
bowtie2-2.1.0/scripts/make_h_sapiens_ncbi36.sh
bowtie2-2.1.0/scripts/make_h_sapiens_ncbi37.sh
bowtie2-2.1.0/scripts/make_mm10.sh
bowtie2-2.1.0/scripts/make_mm9.sh
bowtie2-2.1.0/scripts/make_m_musculus_ncbi37.sh
bowtie2-2.1.0/scripts/make_rn4.sh
bowtie2-2.1.0/scripts/make_s_cerevisiae.sh
bowtie2-2.1.0/scripts/convert_quals.pl
bowtie2-2.1.0/scripts/gen_2b_occ_lookup.pl
bowtie2-2.1.0/scripts/gen_occ_lookup.pl
bowtie2-2.1.0/scripts/gen_solqual_lookup.pl
bowtie2-2.1.0/scripts/infer_fraglen.pl
bowtie2-2.1.0/doc/
bowtie2-2.1.0/doc/manual.html
bowtie2-2.1.0/doc/README
bowtie2-2.1.0/doc/style.css
bowtie2-2.1.0/example/
bowtie2-2.1.0/example/index/
bowtie2-2.1.0/example/index/lambda_virus.1.bt2
bowtie2-2.1.0/example/index/lambda_virus.2.bt2
bowtie2-2.1.0/example/index/lambda_virus.3.bt2
bowtie2-2.1.0/example/index/lambda_virus.4.bt2
bowtie2-2.1.0/example/index/lambda_virus.rev.1.bt2
bowtie2-2.1.0/example/index/lambda_virus.rev.2.bt2
bowtie2-2.1.0/example/reads/
bowtie2-2.1.0/example/reads/longreads.fq
bowtie2-2.1.0/example/reads/reads_1.fq
bowtie2-2.1.0/example/reads/reads_2.fq
bowtie2-2.1.0/example/reads/simulate.pl
bowtie2-2.1.0/example/reference/
bowtie2-2.1.0/example/reference/lambda_virus.fa
bowtie2-2.1.0/bowtie2
bowtie2-2.1.0/AUTHORS
bowtie2-2.1.0/LICENSE
bowtie2-2.1.0/NEWS
bowtie2-2.1.0/MANUAL
bowtie2-2.1.0/MANUAL.markdown
bowtie2-2.1.0/TUTORIAL
bowtie2-2.1.0/VERSION
bowtie2-2.1.0/bowtie2-build
bowtie2-2.1.0/bowtie2-align
bowtie2-2.1.0/bowtie2-inspect
bowtie2-2.1.0/bowtie2-build-debug
bowtie2-2.1.0/bowtie2-align-debug
bowtie2-2.1.0/bowtie2-inspect-debug