本文介绍了在Linux环境下如何安装bowtie2，包括文件传输、解压和执行。强调了在运行bowtie2时需加上‘./’前缀，并展示了如何通过TAB键自动补全命令。此外，还提到了使用example文件进行实践，以及如何通过for循环和通配符进行文件操作，如WES分析文件的质量检查。
linux下安装软件
echo $PATH ##查看路径
echo $PATH|tr ":" "\n"|xargs ls -lh
ls -lh /usr/bin
下载安装Bowtie2
首先在root下新建一个Biosoft的文件夹，切换目录到该文件夹
cd Biosoft
再在该文件夹下，新建一个Bwotie2的文件夹
mkdir Bowtie2
下载Bowtie2的网址
wget https://sourceforge.net/projects/bowtie-bio/files/bowtie/1.3.0/bowtie-1.3.0-linux-x86_64.zip ##wget 后面加下载的网址
这一步，下载出错，直接在Windows上下载，然后传输到linux上
传输完了可以查看，然后再解压
unzip bowtie2-2.4.1-linux-x86_64.zip
进一步的切换进入bowtie2-2.4.1-linux-x86_64文件夹目录
然后查看该文件夹下的文件
ls
其中的绿色的是可执行文件
接下来
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